dNTP мен ddNTP арасындағы негізгі айырмашылық мынада: dNTP немесе дезоксирибонуклеотидтер ДНҚ-ның құрылыс блоктары болып табылады және пентозалық қант құрылымында 3′-ОН тобы бар, ал ddNTP немесе дидеоксинуклеозид трифосфаттары 3′-OH тобы жоқ нуклеотидтер және олар әр түрлі ұзындықтағы ДНҚ тізбектерін шығару үшін Сэнгер дидеокси ДНҚ секвенирлеу техникасында қолданылады.
dNTP және ddNTP - нуклеотидтер. dNTP дезоксирибоза нуклеотидтеріне жатады. Олар ДНҚ-ның құрылыс блоктары болып табылады. dNTP ДНҚ синтезі үшін қолданылады. dNTP, керісінше, дидеоксинуклеозид трифосфаттарына жатады. Олар әртүрлі ұзындықтарда ДНҚ синтезін тоқтату үшін Сэнгер секвенирлеуінде қолданылады. Оларда 3 позицияда OH тобы жоқ. Сутегі OH тобының орнына 3' позициясында бар. Сондықтан ddNTP келесі нуклеотидпен фосфодиэфирлік байланыс түзе алмайды. dNTP ДНҚ синтезін жүзеге асыруға қабілетті, ал ddNTP ДНҚ полимерленуін тоқтатуға қабілетті.
dNTP дегеніміз не?
dNTP дезоксирибоза нуклеотиді немесе дезоксирибонуклеотидті білдіреді. Бұл ДНҚ-ның құрылыс материалы. dNTP төрт түрі бар. Олар dATP, dTTP, dCTP және dGTP. Олар пуриндік немесе пиримидиндік азотты негіздер бойынша аталған: Аденин (А), Гуанин (G), Тимин (Т) және Цитозин (С).
01-сурет: dNTP
Аденин мен гуанин пуриндік негіздер, ал тимин мен цитозин пиримидиндік негіздер. dNTP пентозды қант - дезоксирибоза. Фосфат тобы да бар. Сондықтан dNTP үш компоненттен тұрады: азотты негіз, дезоксирибоза қант және фосфат тобы. Бұл dNTP бір-бірімен фосфодиэфирлік байланыстар арқылы біріктіріледі. dNTP-де пентозалық қанттың 3′ позициясына бекітілген OH тобы бар, ол келесі нуклеотидтің қантының 5′ көміртегіне қосылған фосфат тобымен байланыс құру үшін қажет. Барлық dNTP-де осы 3ʹ-OH тобы болғандықтан, олар ДНҚ тізбектерін синтездеуге және ұзартуға қабілетті. Демек, dNTP ДНҚ-ның және гендердің химиялық затының негізгі қайталанатын бірлігі ретінде әрекет етеді. ДНҚ синтезі әрқашан 5ʹ-ден 3ʹ-ге дейін жүреді.
DdNTP дегеніміз не?
Сэнджер секвенциясы 1977 жылы Фредерик Сэнгер және оның колледждері әзірлеген бірінші буын ДНҚ секвенирлеу әдісі болып табылады. Ол сондай-ақ тізбекті аяқтау реттілігі немесе дидеоксиді реттілік ретінде белгілі, өйткені бұл әдістің негізгі принципі дидеоксинуклеозид трифосфиттер көмегімен тізбекті тоқтату болып табылады. (ddNTPs). ddNTPs - Сэнджер секвенирлеуінде қолданылатын нуклеотидтер. Сэнгер секвенциясы ddNTP-тердің селективті қосылуына және in vitro ДНҚ репликациясы кезінде ДНҚ синтезін тоқтатуға негізделген. DdNTPs ерекшелігі көрші нуклеотидтегі 5′ фосфат тобы арасында фосфодиэфирлік байланыстың түзілуін жалғастыру үшін пентоза қантында 3′-OH тобының болмауында. Демек, ddNTP ұзартылған жіпке бекітілгеннен кейін, тізбектің ұзаруы тоқтайды және осы нүктеден аяқталады. ddNTPs Сэнгер секвенирлеу әдісі кезінде ДНҚ-полимеразаның тізбекті ұзартатын тежегіштері ретінде әрекет етеді.
02-сурет: ddNTP
Төрт ddNTP бар: ddATP, ddCTP, ddGTP және ddTTP Sanger реттілігінде қолданылады. Бұл нуклеотидтер ДНҚ-ның өсіп келе жатқан тізбегіне қосылған кезде ДНҚ репликация процесін тоқтатады. Нәтижесінде Сэнгер секвенциясы әртүрлі ұзындықтағы қысқа ДНҚ шығарады. Капиллярлық гель электрофорезі осы қысқа ДНҚ жіптерін гельдегі өлшемдері бойынша ұйымдастыру үшін қолданылады. ddNTPs ДНҚ тізбегін талдаудың қарапайымдылығы үшін әртүрлі түстермен радиоактивті немесе флуоресцентті таңбаланған. Гельді талдау арқылы белгісіз ДНҚ тізбегінің нуклеотидтер тізбегін анықтауға болады.
dNTP мен DdNTP арасындағы қандай ұқсастықтар бар?
- dNTP және ddNTP екеуі де Sanger реттілігінде пайдаланылады.
- dNTP және ddNTP төрт түрі бар.
- Олар үш компоненттен тұрады: азотты негіз, дезоксирибоза қант және фосфат топтары.
dNTP мен DdNTP арасындағы айырмашылық неде?
dNTP – ДНҚ-ның құрылыс блоктары болып табылатын дезоксирибонуклеотидтердің төрт түрінің бірі. ddNTP - Сэнгер секвенирлеу техникасында қолданылатын дидеоксирибонуклеозидтрифосфаттардың төрт түрінің бірі. dNTP пентоза қантында 3ʹ-OH тобы бар, ал ddNTP пентоза қантында 3ʹ-OH тобы жоқ. Осылайша, бұл dNTP мен ddNTP арасындағы негізгі айырмашылық. Сонымен қатар, dNTPs ДНҚ полимерленуін жүзеге асырады, ал ddNTP ДНҚ полимерленуін тоқтатады. Демек, бұл dNTP және ddNTP арасындағы тағы бір негізгі айырмашылық.
Төмендегі инфографика кесте түрінде dNTP және ddNTP арасындағы айырмашылықтарды көрсетеді.
Қорытынды – dNTP және DdNTP
Қалыпты dNTP-лер ДНҚ-ның құрылыс блоктары болып табылады, ал ddNTP-тер Сэнгер секвенирлеу техникасында қолданылатын нуклеотидтер. dNTP-де 3ʹ-OH бар, ал ddNTP-де 3ʹ-OH жоқ. Осылайша, бұл dNTP мен ddNTP арасындағы негізгі айырмашылық. Сонымен қатар, dNTP ДНҚ тізбегін синтездей алады, ал ddNTP ДНҚ полимерленуін тоқтата алады. Сондықтан ddNTPs әртүрлі ұзындықтағы әртүрлі ДНҚ тізбектерін шығару үшін Сэнгер секвенирлеуінде қолданылады. Sanger реттілігі кезінде dNTP және ddNTP екеуі де қосылады.
