Негізгі айырмашылық – Алға және кері праймер
Полимеразды тізбекті реакция (ПТР) – молекулалық биологиялық қолданбаларда қолданылатын ДНҚ күшейту әдісі. Бұл ерекше қызығушылық танытқан ДНҚ тізбегінің миллиондаған миллиондаған көшірмелерін жасайтын жиі қолданылатын әдіс. Бұл зертханаларда орындалатын in vitro әдісі. ПТР әдісі толығымен Taq полимераза деп аталатын коммерциялық өндірілген ДНҚ-полимеразаға тәуелді. Сондай-ақ ол бірнеше басқа компоненттерді және тиісті температураны сақтауды талап етеді. Маңызды құрамдастардың бірі праймер болып табылады. Праймерлер - мақсатты ДНҚ тізбегі үшін арнайы жасалған қысқа ДНҚ тізбегі. Әдетте олардың ұзындығы шамамен 20 нуклеотидті құрайды. Так полимераза бұрыннан бар нуклеотидтер тізбегіне нуклеотидтердің қосылуын катализдейді. Демек, праймерлер жаңа жіптердің синтезінің бастапқы нүктелері ретінде қызмет етеді. Taq полимераза тек 5'-3' бағытта жұмыс істейді, сондықтан ДНҚ синтезі 5'-ден 3'-ге дейін бірдей бағытта жүреді. ДНҚ қос тізбекті болғандықтан, ПТР-да праймерлердің екі түрі қажет. Олар тура және кері праймер деп аталады. Тура және кері праймерлер ДНҚ синтезі кезінде ДНҚ-дағы праймердің ұзару бағытына негізделген деп аталады. Алға праймер антисенс ДНҚ тізбегімен жасытады және геннің +ve тізбегінің синтезін 5' - 3' бағытқа бастайды. Кері праймер сезім тізбегімен жасытады және кодтау тізбегінің комплементарлы тізбегінің синтезін бастайды; бұл – геннің тізбегі 5'-3' бағытқа. Бұл тура және кері праймерлердің негізгі айырмашылығы.
Forward Primer дегеніміз не?
Алға бағдарлау – геннің кодтау тізбегінің немесе сезім тізбегінің синтезі. Taq полимераза 5'-3' бағытта жаңа тізбектің синтезін катализдейді. Кодтау тізбегінің синтезі праймер кодталмаған немесе антисенсті жіппен жасытылғанда және 5' - 3' бағытта ұзарған кезде орын алады.
01-сурет: тура және кері праймерлер
Антисенс тізбегімен немесе кодталмаған жіппен немесе шаблонды жіппен күйдіретін праймер алға праймер ретінде белгілі, өйткені алға праймер кодтау немесе геннің оң тізбегі синтезінің бастапқы нүктесі ретінде әрекет етеді. Алға праймерде антисенсті жіптің 3' бүйір ұшын толықтыратын қысқа нуклеотидтер тізбегі бар. Ол антисенс тізбегімен гибридтенеді және шаблондық тізбекке қосымша болып табылатын нуклеотидтерді қосу үшін Taq полимеразасын жеңілдетеді.
кері праймер дегеніміз не?
Кері праймер – сезу тізбегінің 3’ ұшымен немесе кодтау тізбегімен күйдіретін қысқа ДНҚ тізбегі. Кері праймер кодтау ретінің немесе кодталмаған тізбектің қосымша тізбегін синтездеу үшін бастапқы нүкте ретінде қызмет етеді. Кері праймер кодтау тізбегінің 3' ұшына қосымша ретінде жасалған. Демек, ол кодтау тізбегінің бүйірлік 3' ұшымен күйдіріледі және Taq полимеразасына антисенсті жіпті немесе шаблондық тізбекті синтездеуге мүмкіндік береді. Оның бағыты кері бағытта болғандықтан, бұл праймер кері праймер ретінде белгіленген.
Кері және тура праймерлер мақсатты немесе қызығушылық танытатын ДНҚ-ның белгілі бір аймақтарының миллиондаған және миллиардтаған көшірмелерін жасау үшін маңызды.
Алға және кері праймердің қандай ұқсастықтары бар?
- Алға және кері праймерлер олигонуклеотидтерден жасалған.
- Алға және кері праймерлердің екеуі де ДНҚ қос тізбектерінің бүйірлік ұштарын толықтыратын қысқа нуклеотидтер тізбегіне ие.
- Алға және кері праймерлер әдетте 20 нуклеотидтен тұрады.
- Алға және кері праймерлер полимеразды тізбекті реакцияларда қолданылады.
- Алға және кері праймерлер коммерциялық түрде синтезделеді.
- Алға және кері праймерлердің екеуі де температураға тұрақты және оларда әдетте ұқсас Tm болады.
- Алға және кері праймерлердің екеуі де мақсатты ДНҚ тізбегімен жасытылған.
- Алға және кері праймерлер ПТР реакцияларына сәйкес жасалған.
- Алға және кері праймерлер ДНҚ күшейту үшін бастапқы нүкте ретінде қызмет етеді.
- Кері және тура праймерлер мақсатты немесе мүдделі ДНҚ тізбектерінің белгілі бір аймақтарының миллион көшірмелерін жасау үшін маңызды.
Алға және кері праймердің айырмашылығы неде?
Алға және кері праймер |
|
| Алға праймер – кодталмаған 3' соңымен немесе геннің шаблондық тізбегімен будандастырылатын және кодтау тізбегін синтездеу үшін бастапқы нүкте ретінде қызмет ететін қысқа ДНҚ тізбегі. | Кері праймер - кодтаудың 3' соңымен немесе үлгі емес тізбекпен будандастырылатын және кодталмаған тізбекті синтездеу үшін бастапқы нүкте ретінде қызмет ететін қысқа ДНҚ тізбегі. |
| Күйдіретін жіп | |
| Үлгі тізбегі бар алға жылтырмалар. | Үлгі емес жіппен кері праймер жасыту. |
| Нәтижедегі жаңа реттілік | |
| Алға праймер кодтау тізбегінің синтезін жеңілдетеді. | кері праймер кодталмаған тізбектің синтезін жеңілдетеді. |
Қорытынды – Алға және кері Primer
ПТР техникасында праймерлердің екі түрі бар. Олар тура және кері праймерлер. Жаңа ДНҚ тізбегі синтезіндегі праймердің ұзаруына негізделген бұл праймерлер таңбаланады немесе аталды. Taq полимераза жаңа ДНҚ-ны 5'-3' бағдарда синтездейді. Демек, праймерлер қос жіптердің 3' ұшына қосымша ретінде жасалған. 5'-ден 3'-ге дейін созылатын алға праймер антисенстің 3' ұшымен немесе үлгімен немесе кодталмаған тізбекпен будандастырады. Ол кодтау ретін синтездеу үшін бастапқы нүкте ретінде қызмет етеді. 5'-ден 3'-ге дейін созылатын кері праймер кодтаудың 3' ұшымен немесе шаблонсыз немесе сезім тізбегімен гибридтенеді. Ол кодталмаған тізбекті синтездеу үшін бастапқы нүкте ретінде қызмет етеді. Бұл тура және кері праймер арасындағы айырмашылық.
