Кездейсоқ праймерлер мен олиго dT арасындағы негізгі айырмашылық мынада: кездейсоқ праймер барлық ықтимал гексамер олигонуклеотидтер тізбегінің қоспасы, ал олиго dT праймер 12–18 дезокситимидиндердің бір тізбекті созылуынан тұрады.
Кері транскрипция – мРНҚ немесе РНҚ-ның кез келген түрін пайдаланып кДНҚ синтездеуге болатын механизм. cDNA өндіру үшін кері транскриптаза ферменті және басқа қажетті компоненттер, әсіресе шаблон мен праймерлер қамтамасыз етілуі керек. Праймерлер - мақсатты тізбектерді күшейту үшін арнайы жасалған қысқа ДНҚ тізбегі. Кездейсоқ праймерлер және олиго dT праймерлері кері транскрипцияда қолданылатын праймерлердің екі кең таралған түрі болып табылады. Сондықтан, кездейсоқ праймер немесе олиго dT праймер кері транскрипцияны бастау үшін кері транскриптаза үшін қажет қысқа ДНҚ олигонуклеотидтер тізбегі болып табылады. РНҚ үлгісіне байланысты сәйкес праймерді осы екі праймер түрінің ішінен таңдауға болады.
Кездейсоқ праймерлер дегеніміз не?
Кездейсоқ праймер – барлық ықтимал гексамер тізбегін білдіретін олигонуклеотидтер қоспасы. Кездейсоқ праймердің праймер тізбегі 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T немесе C. Сондықтан кездейсоқ праймерлерді ДНҚ полимераза немесе кері транскриптаза арқылы бір тізбекті ДНҚ немесе РНҚ күшейту үшін пайдалануға болады, тиісінше. Сонымен қатар, кездейсоқ праймер қоспасы кДНҚ генерациялау үшін РНҚ-ның барлық аймақтарын күшейтуге қабілетті. Осылайша ол әртүрлі ұзындықтағы cDNA түзеді.
01-сурет: Кездейсоқ праймерлер
Ең бастысы, кездейсоқ праймер қоспасы үлгі ерекшелігін көрсетпейді. Ол мРНҚ мен басқа РНҚ түрлерін ажырата алмайды. Және ол үлгідегі РНҚ-ның кез келген түрімен жасытады. Дегенмен, кездейсоқ праймер қоспасы рРНҚ, тРНҚ, кодталмаған РНҚ, шағын РНҚ, прокариоттық мРНҚ, т.б., деградацияланған РНҚ және екінші реттік құрылымдары белгілі РНҚ сияқты поли(А) құйрықтары жоқ РНҚ-ның кері транскрипциясы үшін қолайлы.
Oligo dT дегеніміз не?
Oligo dT праймері 12 – 18 дезокситимин (dT) созылуы болып табылады. Праймер тізбегін 5´-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT)-3 түрінде көрсетуге болады. Ол поли(А) құйрығы бар мРНҚ-дан кДНҚ алу үшін қолданылады. Негізінен, ол кері транскриптаза катализдейтін реакция үшін праймер ретінде әрекет етеді. Кері транскрипция кезінде олиго dT праймері эукариоттық мРНҚ-лардың көпшілігінің 3´ ұшында табылған полиаденилденген құйрықпен жасытады және процесті бастайды.
02-сурет: Oligo dT Primer көмегімен кері транскрипция
Кездейсоқ праймерден айырмашылығы, олиго dT праймері прокариоттық РНҚ мен микроРНҚ қоса, поли(A) құйрықтары жоқ ыдыраған РНҚ немесе РНҚ үшін жарамсыз.
Кездейсоқ праймерлер мен Олиго dT арасындағы қандай ұқсастықтар бар?
- Кездейсоқ праймер және олиго dT праймері кері транскрипцияда және cDNA жасауда қолданылатын праймерлердің екі түрі.
- Кездейсоқ праймер мен олиго dT праймерін бірге пайдалану cDNA синтезінің сезімталдығын арттырады.
- Олар бір тізбекті қысқа нуклеотидтер тізбегі.
Кездейсоқ праймерлер мен Олиго dT арасындағы айырмашылық неде?
Кездейсоқ праймер – кездейсоқ реттіліктен тұратын қысқа олигонуклеотидтер тізбегі. Сонымен қатар, олиго dT праймері 12-ден 18-ге дейін дезокситимидиндерден тұратын қысқа тізбек болып табылады. Сонымен, бұл кездейсоқ праймерлер мен олиго dT арасындағы негізгі айырмашылық. Кездейсоқ праймер тізбегі 5´ – d (NNNNNN) –3´ N=G, A, T немесе C. Ал олиго dT праймер тізбегі 5´-d (TTT TTT TTT TTT TTT TTT) -3´. Сондықтан біз мұны кездейсоқ праймерлер мен олиго dT арасындағы тағы бір айырмашылық ретінде қарастыра аламыз.
Сонымен қатар, кездейсоқ праймерлер шаблон ерекшелігін көрсетпейді және олар РНҚ-ның кез келген түрімен күйдіріледі, ал олиго dT праймерлер эукариоттық мРНҚ-ның поли(A) құйрықтары үшін ерекшелік көрсетеді.
Төмендегі инфографика кездейсоқ праймерлер мен олиго dT арасындағы айырмашылықты қорытындылайды.
Қорытынды – Кездейсоқ праймерлер және Олиго dT
Кездейсоқ праймер және олиго dT праймер - cDNA синтезінде қолданылатын праймерлердің екі түрі. Кездейсоқ праймер олигонуклеотидтер қоспасынан тұрады, ол барлық мүмкін гексамер тізбегін білдіреді, ал олиго dT праймер 12-18 дезокситимидиндердің бір тізбекті тізбегі болып табылады. Сонымен, бұл кездейсоқ праймерлер мен олиго dT арасындағы негізгі айырмашылық. Сонымен қатар, олиго dT праймерлері поли(A) құйрығы бар РНҚ-ның толық ұзындықтағы кері транскрипциясы үшін пайдалы, ал кездейсоқ праймерлер РНҚ түрлерінің көпшілігінің кері транскрипциясы үшін пайдалы, соның ішінде ыдыраған РНҚ, поли(А) құйрықтары жоқ РНҚ және құрамында РНҚ бар. қосалқы құрылымдар. Сондықтан, кездейсоқ праймер үлгі ерекшелігін көрсетпейді, ал олиго dT праймер құрамында поли(A) құйрығы бар эукариоттық мРНҚ-ға қатысты ерекшелік көрсетеді.
