BLAST пен FastA арасындағы негізгі айырмашылық мынада: BLAST - Ұлттық биотехнологиялар орталығының веб-сайтында қолжетімді негізгі туралау құралы, ал FastA - Еуропалық биоинформатика институтының веб-сайтында қолжетімді ұқсастықтарды іздеу құралы.
BLAST және FastA әртүрлі түрлердің ДНҚ, амин қышқылдары, ақуыздар мен нуклеотидтердің биологиялық ретін салыстыру және олардың ұқсастықтарын іздеу үшін кеңінен қолданылатын екі бағдарламалық құрал. Бұл алгоритмдер жылдамдықты ескере отырып жазылған. Өйткені, 1980 жылдардың ортасында ғалымдар зертханада ДНҚ-ны оқшаулай алған кезде, жоғары жылдамдықпен әрі қарай зерттеу үшін бірдей гендерді салыстыру және табу қажеттілігі туындады. Демек, бұл екі бағдарламалық құрал пайдаланушы сұрау ретімен ұқсас тізбектерді жылдам іздей алатындай етіп жасалған.
BLAST - негізгі жергілікті туралау іздеу құралының аббревиатурасы және екі ретті салыстыру үшін локализацияланған тәсілді пайдаланады. FastA - Fast A-ға сілтеме жасайтын бағдарламалық құрал, мұнда A барлығын білдіреді. Мұнда бағдарламалық қамтамасыз ету ДНҚ секвенциясы үшін Fast A және ақуыз үшін Fast P сияқты алфавиттермен жұмыс істейді. BLAST және FastA екеуі де кез келген геномдық дерекқорды салыстыруда өте жылдам, сондықтан ақшалай және уақытты үнемдеу жағынан өте тиімді.
BLAST деген не?
BLAST – 1990 жылы жасалған ең көп қолданылатын биоинформатика бағдарламалық құралының бірі. Содан бері ол NCBI сайтындағы барлығына қолжетімді. Сонымен қатар, кез келген адам бұл бағдарламалық құралға қол жеткізе алады және оны пайдалана алады. Сонымен қатар, BLAST - FastA пішіміндегі енгізу деректерін немесе ретін қажет ететін бағдарламалық құрал. Бірақ ол кәдімгі мәтін, HTML немесе XML пішімінде шығыс деректерін береді. BLAST екі реттілік арасындағы локализацияланған ұқсастықтарды іздеу принципі бойынша жұмыс істейді және ұқсас тізбектердің қысқаша тізімін жасайды, содан кейін көршілес ұқсастықтарды іздейді.
01-сурет: ЖАРЫЛЫҚ НӘТИЖЕЛЕР
Осылайша, бұл бағдарламалық құрал ұқсас жергілікті аймақтардың көп санын іздейді және шекті мәнге жету нәтижесін береді. Дегенмен, бұл процесс алдымен бүкіл тізбекті іздейтін, содан кейін салыстыруды жүзеге асыратын бұрынғы бағдарламалық құралдан ерекшеленеді, сондықтан көп уақытты алады.
Жоғарыда келтірілген ұқсастықты тексеруден басқа, BLAST-тың ДНҚ картасын жасау, әртүрлі түрлердегі екі бірдей генді салыстыру, филогенетикалық ағашты құру және т.б. сияқты көптеген басқа мақсаттары бар.
FastA дегеніміз не?
FastA – ақуыз тізбегін туралау бағдарламалық құралы. Дэвид Дж. Липман мен Уильям Р. Пирсон бұл бағдарламалық құралды 1985 жылы сипаттады. Бұл бағдарламалық құралдың бастапқы қолданылуы тек ақуыз тізбегін салыстыру болғанымен, оның өзгертілген нұсқасы ДНҚ тізбектерін де салыстыра алды. Мұнда бұл бағдарламалық қамтамасыз ету статистикалық түрде екі реттілік арасындағы ұқсастықты табу принципін пайдаланады. Ол ДНҚ немесе ақуыздың бір тізбегіне жергілікті реттілік туралау әдісі арқылы басқа тізбегімен сәйкес келеді.
02-сурет: FastA
Алайда ол ұқсастық үшін жергілікті аймақтарды іздейді, бірақ екі реттілік арасындағы ең жақсы сәйкестік емес. Бұл бағдарламалық жасақтама кейде локализацияланған ұқсастықтарды салыстыратындықтан, сәйкессіздіктер де болуы мүмкін. Кезектілікте FastA к-кортеждері деп аталатын шағын бөлікті алады, мұнда кортеждер 1-ден 6-ға дейін болуы мүмкін және басқа тізбектің k-кортеждерімен сәйкес келеді. Сәйкестендіру процесінің соңында шекті мәнге жеткенде ол нәтиже береді.
BLAST және FastA арасындағы қандай ұқсастықтар бар?
- BLAST және FastA - ақуыз бен ДНҚ тізбегін салыстыру үшін қолданылатын биоинформатика құралдары.
- Сонымен қатар екі бағдарлама да реттіліктер арасында салыстырулар жасау үшін балл қою стратегиясын пайдаланады.
- Сонымен қатар екі құрал да жоғары дәл нәтиже береді.
BLAST және FastA арасындағы айырмашылық неде?
BLAST – биологиялық тізбектер арасындағы ұқсастықты тексеру құралы. Екінші жағынан, FastA - ақуыз бен ДНҚ тізбегінің ұқсастығын тексеруді жеңілдететін тағы бір бағдарлама. Дегенмен, FastA-мен салыстырғанда, BLAST бағдарламалық құралы өте танымал, себебі ол дәлірек және жылдам нәтиже береді. Демек, бұл BLAST пен FastA арасындағы айырмашылық. Сонымен қатар, FastA-дан айырмашылығы, BLAST бағдарламасы пайдаланушының қажеттілігіне қарай өзгертіледі. Сондықтан бұл BLAST және FastA арасындағы тағы бір айырмашылық.
BLAST және FastA арасындағы айырмашылық туралы төмендегі инфографика толығырақ мәліметтер береді.
Қорытынды – BLAST және FastA
BLAST және FastA – пайдаланушыға сұрау ретін бар дерекқорлардағы реттіліктермен салыстыруға және ұқсастықтарды тексеруге мүмкіндік беретін екі бағдарлама. FastA-ның бастапқы мақсаты тек ақуыз тізбегін салыстыру болды. Бірақ бұл бағдарламалық құралдың өзгертілген нұсқасы ақуыз бен ДНҚ тізбегін салыстыруды жеңілдетеді. FastA жақсы бағдарламалық құрал болса да, көптеген адамдар BLAST туралау құралын пайдаланады, себебі ол FastA-ға қарағанда танымал және дәлірек және жылдам нәтиже береді. Сондай-ақ, BLAST құралын пайдаланушы талаптарына сәйкес өзгертуге болады. Қысқаша бұл BLAST және FastA арасындағы айырмашылықты қорытындылайды.
