FASTA мен FASTQ арасындағы негізгі айырмашылық мынада: FASTA тек нуклеотидтер немесе ақуыз тізбектерін сақтайтын мәтінге негізделген пішім, ал FASTQ - реттілік пен байланысты қатар сапа мәндерін сақтайтын мәтінге негізделген пішім.
Биоинформатика – биологиялық деректерді талдау және түсіну үшін әртүрлі бағдарламалық құралдарды пайдаланатын сала, әсіресе деректер жиынтығы күрделі және үлкен болған кезде. Бұл сала биологиялық деректерді талдау және түсіндіру үшін биология, химия, физика, информатика, ақпараттық инженерия, математика және статистиканы біріктіреді. FASTA және FASTQ - биоинформатика саласындағы реттіліктерді туралау және талдау үшін екі ретті бейнелеу пішімі. Шын мәнінде, FASTQ - реттілік сапасын сақтау мүмкіндігімен FASTA пішімін кеңейтетін жүйелілік файл пішімі.
ФАСТА дегеніміз не?
FASTA - ДНҚ мен ақуыз тізбегін туралау бағдарламалық құралы. FASTA бағдарламалық құралы FASTA пішімін пайдаланады. Бұл нуклеотидтер тізбегін немесе амин қышқылы (белок) тізбегін көрсететін мәтінге негізделген пішім. Мұнда бір әріптік кодтар осы екі тізбекті де білдіреді. FASTA биоинформатика және биохимия салаларындағы маңызды құрал болып табылады. Бұл пішім реттілік атаулары мен түсініктемелерге реттіліктердің алдында тұруға мүмкіндік береді.
01-сурет: FASTA реті
Бұл пішім FASTA бағдарламалық құралынан шыққан және оны 1985 жылы Дэвид Дж. Липман мен Уильям Р. Пирсон ұсынған. FASTA құралы уақыт өте келе көптеген модификацияларға ие болды және соңғы нұсқасы ақуыз: ақуыз, ДНҚ бағдарламаларынан тұрады.:ДНҚ, ақуыз:аударылған ДНҚ (жақтаулары бар) және реттелген немесе реттелмеген пептидтік іздеулер. FASTA берілген нуклеотидті немесе амин қышқылы тізбегін оқиды және ұқсас дерекқор реттерінің сәйкестіктерін табу үшін жергілікті ретті теңестіруді пайдалану арқылы сәйкес реттілік дерекқорын іздейді.
FASTQ дегеніміз не?
FASTQ – биоинформатика саласында қолданылатын туралау бағдарламалық құралы, ол биологиялық ретті (әдетте нуклеотидтер тізбегі) және оның сәйкес сапа көрсеткіштерін сақтайды. FASTQ бастапқыда Wellcome Trust Sanger институтымен FASTA пішімделген тізбекті және тиісті сапа деректерін жинақтау үшін әзірленген. Биоинформатика саласындағы дамуымен FASTQ көптеген өнімділігі жоғары тізбектеу құралдарының шығысын сақтауға арналған іс жүзінде стандартқа айналды.
FASTQ пішімі әр ретпен төрт түрлі жолды пайдаланады. 1-жол @ таңбасынан басталады және одан кейін реттілік идентификаторы (FASTA тақырып жолына ұқсас) болады. 2-жол шикі ретті әріптерден тұрады. 3-жолда реттілік «+» таңбасынан басталады және міндетті түрде сол реттілік идентификаторымен жалғасады.4-жол 2-жолдағы дәйектіліктің сапа мәндерін кодтайды және қатардағы әріптермен бірдей таңбалар санынан тұруы керек.
FASTA және FASTQ арасындағы қандай ұқсастықтар бар?
- FASTA және FASTQ - туралау құралдары.
- Олар екі ретті көрсету пішімі.
- Екеуі де биоинформатика саласына қатысты.
- FAST және FASTQ екеуі де сақтау және реттілік мақсаттары үшін маңызды құралдар болып табылады.
- FASTQ – реттілік сапасын сақтау мүмкіндігі бар FASTA пішімінің кеңейтімі.
FASTA мен FASTQ арасындағы айырмашылық неде?
FASTA – тек нуклеотидтер немесе ақуыз тізбегін сақтайтын мәтінге негізделген пішім, ал FASTQ – реттілік пен байланысты реттілік сапа мәндерін сақтайтын мәтінге негізделген пішім. Осылайша, бұл FASTA мен FASTQ арасындағы негізгі айырмашылық. Сонымен қатар, FASTA реттілік фрагменттерін салыстырудан кейін сақтайды, ал FASTQ реттілік фрагменттерін салыстыру алдында сақтайды. Сонымен қатар, FASTA мен FASTQ арасындағы тағы бір айырмашылық: FASTA бір сипаттама жолынан, ал FASTAQ төрт жолдан тұрады.
Төмендегі инфографика FASTA және FASTQ арасындағы айырмашылықтарды қатар салыстыру үшін кесте түрінде ұсынады.
Қорытынды – FASTA және FASTQ
Биоинформатика FASTA және FASTQ, т.б. сияқты реттіліктердің әртүрлі пішімдерін пайдаланады. FASTA реттілік фрагменттерін салыстырудан кейін сақтайды, ал FASTQ реттілік фрагменттерін салыстыру алдында сақтайды. FASTA – бұл ДНҚ мен ақуыз тізбегін туралау бағдарламалық құралы. Ол протеин: белок, ДНҚ: ДНҚ, ақуыз: аударылған ДНҚ (жақтаулары бар) және реттелген немесе реттелмеген пептидтерді іздеуге арналған бағдарламалардан тұрады. FASTQ – биоинформатика саласында қолданылатын теңестіру бағдарламалық құралы және биологиялық тізбекті (әдетте нуклеотидтер тізбегі) және оның сәйкес сапа көрсеткіштерін сақтайды. FASTA бір сипаттама жолынан, ал FASTQ төрт жолдан тұрады. Сонымен, бұл FASTA мен FASTQ арасындағы айырмашылықты қорытындылайды.
