Негізгі айырмашылық – гельдік электрофорез және SDS беті
Гель электрофорезі – макромолекулаларды электр өрісінде бөлетін әдіс. Бұл молекулалық биологиядағы ДНҚ, РНҚ және ақуыздарды молекулалық өлшемдеріне сәйкес қоспалардан бөлудің кең таралған әдісі. SDS Page - белоктарды мөлшеріне қарай ақуыз қоспасынан бөлу үшін қолданылатын гельдік электрофорездің түрі. Гель электрофорезі - бұл ДНҚ, РНҚ және ақуызды бөлу үшін қолданылатын қалыпты әдіске сілтеме жасау үшін қолданылатын термин, ал SDS Page гель электрофорезінің бір түрі. Бұл гель электрофорезі мен SDS Page арасындағы негізгі айырмашылық.
Гельдік электрофорез дегеніміз не?
Гель электрофорезі – ДНҚ, РНҚ, белоктар және т.б. сияқты зарядталған молекулаларды олардың қоспаларынан бөлу үшін зертханаларда қолданылатын кең таралған әдіс. Гель электрофорезінде гель қолданылады. Ол молекулярлық елеуіш ретінде әрекет етеді. Гель электрофорезінде қолданылатын гельдердің екі түрі бар, атап айтқанда агароза және полиакриламид. Гельді және гельді дайындауды таңдау гель электрофорезінде ескерілетін маңызды факторлар болып табылады, өйткені гель электрофорезі арқылы молекулаларды жақсы бөлу үшін гельдің кеуек өлшемін мұқият өңдеу керек. Гельдік электрофорезде гельдің екі ұшына жалғанған электр өрісі бар. Гельдің бір ұшы оң зарядты, ал екінші ұшы теріс зарядты көрсетеді.
ДНҚ және РНҚ теріс зарядталған молекулалар. Олар гельдің теріс ұшынан гельге жүктеліп, электр өрісіне қолданылғаннан кейін олар гель тесіктері арқылы гельдің оң зарядталған ұшына қарай жылжиды. Миграция жылдамдығы молекуланың заряды мен мөлшеріне байланысты. Кішкентай молекулалар үлкенірек молекулаларға қарағанда гель тесіктері арқылы оңай ауысады. Демек, кішірек молекулалар гель арқылы ұзақ қашықтыққа, ал үлкенірек молекулалар қысқа қашықтыққа жүреді. Гельдегі молекулалардың қозғалуын бақылау үшін бояғыштардың арнайы түрлері қолданылады. Электр өрісі белгілі бір уақыт аралығында қолданылады және молекулалардың жоғалуын болдырмас үшін және молекулаларды қозғалатын орындарында ұстау үшін тоқтатылады. Гельде әртүрлі жолақтарды байқауға болады. Бұл жолақтар әртүрлі өлшемдегі молекулаларды білдіреді. Демек, гельдік электрофорез молекулаларды өлшемдеріне қарай ажырату үшін пайдалы.
Гель электрофорезі ПТР, RFLP, клондау, ДНҚ секвенциясы, оңтүстік блоттинг, геномды карталау және т.б. сияқты молекулалық биологиядағы дайындық әдісі ретінде әртүрлі әдістерге енгізілген.
01-сурет: Агарозды гель электрофорезі
SDS беті дегеніміз не?
Натрий додецилсульфаты полиакриламидті гель электрофорезі (SDS Page) – белоктарды бөлу үшін қолданылатын гельдік электрофорездің бір түрі. Белоктарды бөлу үшін гельдік электрофорезді қолданғанда, арнайы өңдеулер қажет, өйткені белоктар ДНҚ және РНҚ сияқты теріс зарядты емес және оң немесе теріс жаққа көшпейді. Демек, гельдік электрофорезге дейін белоктар денатурацияланады және теріс зарядпен қапталған. Ол натрий додецил сульфаты (SDS) деп аталатын жуғыш затты қолдану арқылы жасалады. SDS және тірек орта үшін полиакриламидті гель қолданатын гельдік электрофорез SDS Page ретінде белгілі. Бұл әдіс әдетте биохимия, генетика, сот сараптамасы және молекулалық биологияда қолданылады.
SDS беті кезінде ақуыздар SDS-пен араласады. SDS белоктарды сызықтық пішінге келтіреді және оларды молекулалық массасына пропорционал теріс зарядпен қаптайды. Теріс зарядқа байланысты белок молекулалары гельдің оң зарядты ұшына қарай жылжиды және олардың молекулалық массасына сәйкес бөлінеді. SDS Page-те гель үшін қатты тірек ретінде полиакриламид қолданылады. Белоктардың нақты бөлінуі негізінен гельдің қасиеттеріне байланысты. Сондықтан полиакриламидті гель дайындауды мұқият орындау керек және полиакриламидтің дұрыс концентрациясын пайдалану керек. Полиакриламидті гельдер агарозды гельдерге қарағанда жоғары ажыратымдылық көрсетеді. Демек, SDS Page ақуызды бөлудің жоғары ажыратымдылығы бар әдіс болып саналады.
SDS беті – денатурациялаушы гель электрофорезінің түрі. Оның ақуызды талдауда үлкен шектеуі бар. SDS бөліну алдында ақуыздарды денатурациялайтындықтан, ол ферментативті белсенділікті, ақуыздармен байланысуын, ақуыз кофакторларын және т.б. анықтауға мүмкіндік бермейді.
02-сурет: SDS беті
Гель электрофорезі мен SDS бетінің айырмашылығы неде?
Гель электрофорезі және SDS беті |
|
| Гель электрофорезі – электр өрісі арқылы макромолекулаларды бөлуге арналған әдіс. | SDS Page – белоктарды массасына қарай бөлу үшін қолданылатын жоғары ажыратымдылықтағы гельдік электрофорез әдісі. |
| Gel Run | |
| Оны көлденең немесе тік күйде орындауға болады. | SDS беті әрқашан тігінен жұмыс істейді. |
| Ажырату негізі | |
| Ажырату заряды мен өлшеміне қарай жүреді. | Белоктың бөлінуі массасы мен зарядына қарай жүреді. |
| Ажыратымдылық | |
| Агарозды гель электрофорезінің ажыратымдылығы төмен, ал полиакриламидті гель электрофорезінің ажыратымдылығы жоғары | SDS бетінің ажыратымдылығы жақсы. |
| Денатурация | |
| Гель электрофорезі денатурациялау және денатурациялау әдістерін қамтиды. | SDS беті бөліну алдында ақуыздарды денатурациялайды. |
Қорытынды – гельдік электрофорез және SDS беті
Гель электрофорезі – көлемі мен зарядына қарай ДНҚ, РНҚ және ақуыздарды бөлу және талдау үшін қолданылатын кең таралған әдіс. Гель электрофорезінің екі негізгі түрі бар, атап айтқанда агарозды гель электрофорезі және полиакриламидті гель электрофорезі. Агарозды гельдер негізінен нуклеин қышқылын бөлу үшін қолданылады; жоғары ажыратымдылық қажет болғанда полиакриламидті гельдер қолданылады. SDS Page – белоктардың күрделі қоспаларын бөлу үшін жиі қолданылатын гельдік электрофорездің түрі. Бұл жоғары ажыратымдылықтағы ақуызды бөлу әдісі ретінде қарастырылады. Бұл гель электрофорезі мен SDS беті арасындағы айырмашылық.
