Негізгі айырмашылық – Экзома мен РНҚ реттілігі
Нуклеин қышқылын секвенирлеу – бұл организмнің ДНҚ немесе РНҚ белгілі бір фрагментіндегі нуклеотидтердің ретін анықтайтын әдіс. Секвенирлеу жасушаның ДНҚ және РНҚ құрамын анықтауда және функционалды ақуыздарды кодтайтын белгілі бір гендерді ажыратуда маңызды; осылайша, секвенирлеу осы гендердің мутацияларын және ген өрнектерін түсіну үшін пайдаланылуы мүмкін. Sanger Sequencing әдісі немесе неғұрлым жетілдірілген Келесі ұрпақ реттілік әдістері жиі қолданылатын реттілік әдістері болып табылады. Экзомды секвенирлеу - бұл организмде бар экзондардың толық жиынтығының немесе кодтау ДНҚ аймақтарының реттілігі, ал РНҚ секвенциясы рибонуклеин қышқылдарының (РНҚ) секвенирлеу процедурасы. Бұл экзома мен РНҚ секвенциясы арасындағы негізгі айырмашылық.
Экзома реттілігі дегеніміз не?
Экзома – белгілі бір ағзаның кодтау гендерінен тұратын геномның ішкі жиыны. Кодтаушы гендер экзондар деп аталады және мРНҚ-ға транскрипцияланады, содан кейін аминқышқылдарының тізбегіне ауысады. Транскрипциядан кейінгі модификациялар кезінде эукариоттардағы РНҚ-ны біріктіру механизмі интрондарды (кодталмаған аймақтар) жояды, ал экзондар қалады. Экзомалар реттілігі орындалатын екі негізгі әдіс бар: шешім негізінде және массив негізінде.
Ерітіндіге негізделген экзомалық реттілікте ДНҚ үлгілері шектеу ферменттері немесе механикалық әдіс арқылы фрагменттеледі және жылумен денатурацияланады. Бұл әдістемеде биотинленген олигонуклеотидті зондтар (жемдер) геномдағы мақсатты аймақтармен селективті будандастыру үшін қолданылады. Байланыстыру қадамы үшін магнитті стрептавидин моншақтар қолданылады. Байланыстырудан кейін байланыссыз және мақсатты емес тізбектер жуылатын жуу қадамы орындалады. Байланыстырылған нысандар содан кейін полимеразды тізбекті реакция (ПТР) арқылы күшейтіледі, содан кейін Sanger секвенирлеу немесе Келесі ұрпақ реттілік әдістері арқылы тізбектеледі.
01-сурет: экзома реттілігі
Массив негізіндегі әдіс де ерітіндіге негізделген әдіске ұқсас, тек ДНҚ фрагменттері микро массивке түсіріледі, содан кейін байланыстыру және жуу қадамдары реттілікке дейін орындалады.
Экзома секвенциясы аурулардың генетикалық диагностикасы, гендік терапия, жаңа генетикалық маркерлерді анықтау, ауыл шаруашылығында әртүрлі пайдалы агротехникалық белгілерді анықтау және өсімдік өсіру процедуралары сияқты көптеген қолданбаларда қолданылады.
РНҚ реттілігі дегеніміз не?
РНҚ секвенциясы жасушаның толық транскрипттері болып табылатын транскриптомға негізделген. РНҚ секвенирлеуінің негізгі мақсаттары гендердің транскрипциялық құрылымын анықтау және даму кезінде әрбір транскрипттің экспрессиялық деңгейлерін сандық анықтау үшін мРНҚ, кодтамайтын РНҚ және шағын РНҚ қоса алғанда, транскрипттің барлық түрлерін каталогтау болып табылады. РНҚ секвенциясы кезінде гибридтеу технологиялары (олар піскен мРНҚ тізбегінен алынған комплементарлы ДНҚ болды) секвенирлеу үшін бастапқыда пайдаланылды. Қазіргі уақытта РНҚ секвенциясы үшін дәлірек және жетілдірілген өткізу әдісі қолданылады.
02-сурет: РНҚ реттілігі
РНҚ секвенирлеуінде жалпы РНҚ немесе фракцияланған РНҚ болуы мүмкін РНҚ үлгісі кері транскрипцияның көмегімен оның комплементарлы ДНҚ-ға (cDNA) түрлендіріледі және кДНҚ кітапханасы дайындалады. Әрбір cDNA фрагменті адаптерлерге екі жағынан (жұптың соңы реттілігі) немесе бір жағында (бір ұшы секвенциясы) бекітіледі. Бұл тегтелген реттіліктер Sanger секвенциясы немесе экзома секвенциясы сияқты келесі буын арқылы реттелген.
Экзома мен РНҚ реттілігінің қандай ұқсастықтары бар?
- Қысқа таңдалған фрагменттерді немесе ДНҚ/РНҚ-ның бүкіл жинағын Экзома немесе РНҚ секвенциясы үшін пайдалануға болады.
- Тізбектелген фрагменттер кітапханаларда сақталады.
- Sanger секвенирлеуін немесе Келесі ұрпақ ретін пайдалануға болады.
- Екеуі де in vitro реттілік әдістері.
- Тізбектелген фрагменттерді флуоресцентті тегтермен анықтауға болады.
Экзома мен РНҚ реттілігінің айырмашылығы неде?
Экзома және РНҚ реттілігі |
|
| Экзома реттілігі – организмде бар экзондардың немесе кодтаушы ДНҚ аймақтарының толық жиынтығының реттілігі. | РНҚ секвенциясы рибонуклеин қышқылдарының (РНҚ) секвенирлеу процедурасына жатады; транскриптом. |
| Бастау үлгісі | |
| Геномдық ДНҚ - экзомалар секвенциясының бастапқы үлгісі. | РНҚ - РНҚ секвенирлеуінің бастапқы үлгісі. |
| Композиция | |
| Бұл тек ДНҚ-ның экзон деп аталатын кодтау аймақтарын қамтиды | Бұл РНҚ-мРНҚ / транскриптомды қамтиды. |
| Тізбектілік | |
| Экзома секвенирлеудің екі негізгі әдісі бар; шешім негізіндегі және массив негізіндегі технологиялар. | РНҚ секвенциясы жалпы РНҚ немесе фрагменттелген РНҚ алу арқылы cDNA кітапханасын дайындау арқылы орындалады. |
Қорытынды – Экзома және РНҚ реттілігі
Экзома – ағзаның кодтау аймақтарының толық жиынтығы және экзоманың нақты нуклеотидтер тәртібін анықтауға қатысатын әдістер экзома реттілігі ретінде белгілі. РНҚ секвенциясы - бұл организмнің РНҚ-ның нуклеотидтік ретін анықтауға қатысатын әдіс. Бұл экзома мен РНҚ секвенциясы арасындағы айырмашылық.
Exome-RNA Sequencing PDF нұсқасын жүктеп алу
Сіз осы мақаланың PDF нұсқасын жүктеп алып, сілтеме жазбасына сәйкес офлайн мақсаттарда пайдалана аласыз. PDF нұсқасын мына жерден жүктеп алыңыз: Экзома мен РНҚ секвенциясы арасындағы айырмашылық
