Негізгі айырмашылық – зонд пен праймер
Молекулалық зонд ДНҚ немесе РНҚ-дағы комплементарлы тізбектерді танитын және мақсатты тізбекті анықтауға мүмкіндік беретін шағын ДНҚ немесе РНҚ фрагменті болып табылады. Праймер - бұл ДНҚ синтезі үшін бастапқы нүкте ретінде қызмет ететін ДНҚ немесе РНҚ-ның шағын бөлігі. Праймерлер мен зондтар үлгі ДНҚ немесе мақсатты ДНҚ-ның комплементарлы нуклеотидтерімен будандасады. Дегенмен, зонд пен праймер арасындағы негізгі айырмашылық мынада: праймерлер ДНҚ репликациясы үшін қажет, ал зондтар ДНҚ үлгісіндегі нақты тізбектерді анықтау үшін қажет.
Зонд дегеніміз не?
Зонд – молекулалық будандастыру арқылы үлгідегі мақсатты ДНҚ немесе РНҚ анықтау үшін пайдаланылатын ДНҚ немесе РНҚ-ның шағын фрагменті. Олар молекулалық маркерлер ретінде де белгілі. Зондтың ұзындығы әртүрлі болуы мүмкін (100-ден 1000 негізге дейін) және зонд нуклеотидтері мақсатты тізбектің бөлігін толықтырады. Анықтау оңай болуы үшін зондтар радиоактивті изотоптармен немесе флуоресцентті бояғыштармен немесе антиденелермен таңбаланады. Зондтар мақсатты тізбектің комплементарлы негіздерімен байланысады және үлгідегі мақсатты ДНҚ немесе РНҚ бар екенін анықтайды. Зондтарды таңбалаудың екі негізгі әдісі бар: соңғы таңбалау және никті аудару. Зондтар әртүрлі түрлерге бөлінеді, соның ішінде ДНҚ зондтары, РНҚ зондтары, cDNa зондтары және синтетикалық олигонуклеотидтер зондтары және олар әртүрлі әдістер арқылы дайындалады.
Зондтар вирусология, сот-медициналық патология, әке болуды анықтау, ДНҚ саусақ ізін анықтау, генетикалық ауруларды анықтау, RFLP, молекулалық цитогенетика, in situ будандастыру және т.б. сияқты көптеген микробтық және молекулалық салаларда маңызды құралдар болып табылады.
01-сурет: қоздырғышты анықтау үшін FISH-те қолданылатын флуоресцентті таңбаланған зонд
Праймер дегеніміз не?
Праймер – ДНҚ синтезі үшін бастамашы ретінде қызмет ететін қысқа ДНҚ немесе РНҚ фрагменті. ДНҚ-полимераза ферменті праймер тізбегінің 3' OH тобына нуклеотидтерді қосады және ДНҚ шаблонына комплементарлы жаңа тізбекті синтездейді. Праймерлер - ұзындығы 18-20 нуклеотидті құрайтын өте қысқа фрагменттер. Олар in vitro ДНҚ күшейту (ПТР) үшін зертханада химиялық жолмен синтезделеді. Праймерлерде нуклеотидтердің кез келген тізбегі болуы мүмкін, өйткені оларды пайдаланушы құрастырған. Олар ДНҚ шаблонының комплементарлы негіздерімен сәйкестендіру үшін синтезделеді. Сондықтан оның кез келген нуклеотидтер тізбегі болуы мүмкін. Праймерлер ДНҚ репликациясы үшін өте маңызды, өйткені ДНҚ полимераза бұрыннан бар ДНҚ бөлігінсіз жаңа ДНҚ синтездей алмайды. ПТР үшін праймерлерді құрастыру кезінде келесі нәрселерді ескеру қажет:
- Праймерлердің құрамында күшейткісі келетін ДНҚ-ның бүйір ұшына комплементарлы нуклеотидтер болуы керек.
- Праймерлердің балқу температурасы 55 – 65 аралығында болуы керек 0C
- G және C мазмұны 50-60% аралығында болуы керек.
Екі праймер ПТР-де ДНҚ үлгісінің екі тізбегін де репликациялау үшін тура және кері ретінде пайдаланылады. Праймерлер әдетте ПТР және ДНҚ секвенциясын орындау үшін пайдаланылады.
02-сурет: ПТР-да праймерді жасыту
Зонд пен праймердің айырмашылығы неде?
Зонд пен Primer |
|
| Зонд – молекулалық будандастыру арқылы үлгідегі мақсатты тізбектің болуын анықтау үшін пайдаланылатын ДНҚ/РНҚ-ның шағын фрагменті. | Праймер – ДНҚ репликациясының бастапқы нүктесі ретінде қызмет ететін ДНҚ немесе РНҚ-ның шағын бөлігі. |
| Функция | |
| Бұл ДНҚ немесе РНҚ үлгісінде белгілі бір тізбектің болуын анықтайды. | Бұл ДНҚ синтезі үшін бастапқы нүкте ретінде әрекет етеді. |
| Ұзындығы | |
| Ұзындығы 100 – 1000 негіз аралығында болуы мүмкін | Ұзындығы әдетте шамамен 18 – 20 негіз |
| Толықтырғыш ретімен байланыстыру | |
| Зонд мақсатты тізбектің қосымша негіздерімен гибридтенеді | Праймер ДНҚ тізбектерінің комплементарлы негіздерімен жасытады. |
| Таңбалау | |
| Зондтар оңай анықтау үшін белгіленген | Праймерлер әдетте таңбаланбайды |
| ПТР-да қолдану | |
| Зондтар ПТР-да пайдаланылмайды | Праймерлер ПТР-да қолданылады |
Қорытынды – Зонд пен Primer
Зонд – үлгідегі мақсатты тізбекті анықтау үшін комплементарлы нуклеотидтермен будандастыруға болатын ДНҚ немесе РНҚ тізбегінің шағын фрагменті. Зондтар нысана реттілігінің болуын көру үшін радиоактивті, иммунологиялық немесе флуоресцентті түрде таңбаланады. Праймер - бұл in vitro ДНҚ күшейту үшін бастапқы нүкте ретінде әрекет ететін өте кішкентай ДНҚ немесе РНҚ фрагменті. ДНҚ полимераза 3' OH топтық праймерді анықтайды және шаблонды толықтыратын жаңа тізбектің құрылысын бастайды. Зондтар мен праймерлер комплементарлы нуклеотидтермен будандастыру арқылы бірдей жұмыс істейді. Осылайша, зонд пен праймер арасындағы негізгі айырмашылық олардың негізгі функциясы болып табылады.
