Негізгі айырмашылық – Nick Translation және Primer кеңейтімі
Ник аудармасы және праймерді кеңейту - молекулалық биологияда орындалатын екі маңызды әдіс. Ник трансляциясы мен праймерді кеңейту арасындағы негізгі айырмашылық мынада: ник-трансляция процесі басқа будандастыру әдістері үшін таңбаланған зондтарды шығарады, ал праймерді кеңейту әдісі қоспадан белгілі РНҚ тізбегін анықтайды және мРНҚ экспрессиясы туралы ақпаратты ашады. Екі әдіс те үлкен маңызға ие және олар үнемі молекулалық зерттеу зертханаларында орындалады.
Ник аудармасы дегеніміз не?
Ник трансляциясы әр түрлі молекулалық биологиялық әдістерге арналған таңбаланған зондтарды дайындау үшін пайдаланылатын маңызды әдіс, мысалы, тазарту, in situ будандастыру, флуоресцентті in situ будандастыру, т.б. Бұл ДНҚ таңбалаудың in vitro әдісі. ДНҚ зондтары нақты ДНҚ немесе РНҚ тізбегін анықтау үшін қолданылады. Белгіленген зондтың көмегімен нуклеин қышқылының күрделі қоспасынан арнайы фрагменттерді белгілеуге немесе көруге болады. Сондықтан таңбаланған зондтар әртүрлі техникалар үшін қолданылатын әртүрлі әдістерді қолдана отырып дайындалады. Ник трансляциясы - DNase 1 және DNA-полимераза 1 ферменттерінің көмегімен таңбаланған зондтарды шығаратын осындай әдістердің бірі.
Никтерді аудару процесі DNase 1 ферментінің белсенділігінен басталады. DNase 1 нуклеотидтер арасындағы фосфодиэфирлік байланыстарды ыдырату арқылы қос тізбекті ДНҚ-ның фосфатты діңгегіне никтерді енгізеді. Ник пайда болғаннан кейін нуклеотидтің бос 3' OH тобы шығады және оған ДНҚ-полимераза 1 ферменті әсер етеді. ДНҚ-полимераза 1-нің 5' - 3' экзонуклеазалық белсенділігі нуклеотидтерді никтен ДНҚ тізбегінің 3' бағытына қарай жояды. Бір мезгілде ДНҚ-полимераза 1 ферментінің полимеразалық белсенділігі жұмыс істейді және жойылған нуклеотидтердің орнына нуклеотидтерді қосады. Егер нуклеотидтер таңбаланған болса, ауыстыру таңбаланған нуклеотидтермен жүреді және ол сәйкестендіру үшін ДНҚ-ны белгілейді. Бұл жаңадан синтезделген таңбаланған ДНҚ молекулалық биологиядағы әртүрлі будандастыру реакцияларында зонд ретінде пайдаланылуы мүмкін.
01-сурет: никті аудару процесі
Праймер кеңейтімі дегеніміз не?
Праймер кеңейтімі - РНҚ қоспасынан белгілі РНҚ тізбегін табу және мРНҚ транскриптінің 5' ұшын табу үшін қолданылатын әдіс. Ол сонымен қатар РНҚ құрылымы мен экспрессияны зерттеу үшін қолданылады. Праймерді ұзарту әдісі белгіленген праймерлермен немесе таңбаланған нуклеотидтермен жүзеге асырылады. Егер таңбаланған праймерлер пайдаланылса, ол кДНҚ синтезі үшін қолданылатын нуклеотидтерді таңбалау қажеттілігін жоққа шығарады. Бұл техникада бірнеше қадамдар бар. Ол үлгіден РНҚ алудан басталады. Содан кейін белгілі бір РНҚ тізбегінің кДНҚ синтезі үшін қажетті ингредиенттермен бірге қоспаға белгіленген олигонуклеотидті праймер қосылады. Праймер қоспадан қосымша реттілікпен күйдіреді. Үлгі ретінде праймермен өңделген тізбекті пайдалана отырып, кері транскриптаза ферменті РНҚ тізбегінің комплементарлы ДНҚ-сын (cDNA) синтездейді. Праймерді жасыту және кері транскрипция үлгіде арнайы РНҚ тізбегі болған кезде ғана жүреді. Соңында, денатурациялық гель электрофорезі жүргізілгенде, РНҚ тізбегінің өлшемін анықтауға болады. Сондай-ақ, праймерді кеңейту әдісімен мРНҚ (транскрипцияны бастау орны) тізбегінің +1 негізін табу оңай. Үлгідегі мРНҚ мөлшерін артық праймер пайдаланылса, осы әдіс арқылы анықтауға болады.
02-сурет: праймер кеңейтімі
Nick Translation және Primer кеңейтімінің айырмашылығы неде?
Nick Translation және Primer кеңейтімі |
|
| Ник аудармасы - әртүрлі будандастыру реакциялары үшін таңбаланған ДНҚ зондтарын жасайтын процесс. | Праймер кеңейтімі – арнайы РНҚ табу немесе ген экспрессиясын зерттеу үшін қолданылатын әдіс. |
| Қолданылатын ферменттер | |
| DNase 1 және ДНҚ полимераза ферменттері пайдаланылады. | кері транскриптаза ферменті қолданылады. |
| Маңыздылық | |
| Ник аудармасы нақты ДНҚ тізбегін белгілеуді жеңілдетеді. | Праймер кеңейтімі арнайы мРНҚ реттілік өлшемін және үлгідегі мөлшерді анықтауға мүмкіндік береді. |
Қорытынды – Nick Translation және Primer кеңейтімі
Ник трансляциясы DNase 1 және E coli ДНҚ полимераза 1 ферменттерінің белсенділігіне негізделген таңбаланған зондтарды синтездеу үшін қолданылатын әдіс. Бұл әртүрлі будандастыру әдістеріне дейін зертханаларда қолданылатын in vitro әдісі. Ник-трансляция кезінде ДНҚ-полимераза 1-нің 5'-3' экзонуклеазалық белсенділігі никтен бұрын нуклеотидтерді жояды және ДНҚ-полимераза 1-нің полимеразалық белсенділігі жойылған нуклеотидтерді никтің артындағы белгіленген нуклеотидтермен ауыстырады. Праймер кеңейтімі - бұл қоспадан белгілі бір РНҚ транскрипциясын анықтау және қызығушылық РНҚ мөлшері мен мөлшерін анықтау үшін қолданылатын әдіс. Бұл ник аудармасы мен праймер кеңейтімі арасындағы айырмашылық.
