Праймер мен промотор арасындағы негізгі айырмашылық мынада: праймер коммерциялық синтезделген қысқа ДНҚ тізбегі болып табылады, ол ПТР-да мақсатты ДНҚ тізбегін күшейту үшін пайдаланылады, ал промотор РНҚ үшін қауіпсіз бастапқы байланыстыру орнын қамтамасыз ететін арнайы ДНҚ тізбегі болып табылады. Транскрипцияны бастау үшін полимераз және транскрипция факторлары.
Праймер және промотор - ДНҚ тізбегінің екі түрі. Праймер - бұл полимеразды тізбекті реакцияға (ПТР) қажет ДНҚ-ның шағын фрагменті. Оның ДНҚ тізбегінің бүйір ұшын толықтыратын қысқа нуклеотидтер тізбегі бар. Праймерлердің екі түрі бар және олар жаңа ДНҚ тізбектерін синтездеу үшін бастапқы нүкте ретінде жұмыс істейді. Керісінше, промотор - бұл геннің транскрипция инициациясының орнына жоғары қарай орналасқан белгілі бір ДНҚ тізбегі. Ол ДНҚ транскрипциясын бақылау үшін РНҚ полимераза және транскрипция факторлары сияқты транскрипция механизмінің компоненттерімен тікелей әрекеттеседі. Демек, РНҚ полимераза және басқа транскрипция факторлары промоторлар тізбегімен байланысып, транскрипцияны бастайды.
Праймер дегеніміз не?
Праймерлер – мақсатты ДНҚ тізбегін күшейтуге арналған қысқа ДНҚ тізбегі. Құрылымдық жағынан оларда ДНҚ қос тізбектерінің бүйірлік ұштарын толықтыратын қысқа нуклеотидтер тізбегі бар. Әдетте олардың ұзындығы шамамен 20 нуклеотидті құрайды. ПТР кезінде Taq полимераза нуклеотидтердің бұрыннан бар нуклеотидтер тізбегіне қосылуын катализдейді. Демек, праймерлер жаңа жіптерді синтездеу үшін бастапқы нүкте ретінде қызмет етеді. Taq полимераза тек 5'-3' бағытта жұмыс істейді. Демек, ДНҚ синтезі де сол 5-3' бағытта жүреді. ДНҚ қос тізбекті болғандықтан, ПТР-да праймерлердің екі түрі қажет. Олар ДНҚ синтезі кезінде праймердің ұзару бағытына негізделген тура және кері праймер ретінде белгілі.
01-сурет: праймерлер
Алға праймер антисенс ДНҚ тізбегімен жасытады және геннің + тізбегінің 5'-3' бағытына синтезін бастайды. Оның антисенсті жіптің 3' бүйір ұшын толықтыратын қысқа нуклеотидтер тізбегі бар. Кері праймер сезім тізбегімен жасытады және кодтау тізбегінің комплементарлы тізбегінің синтезін бастайды, ол – геннің 5’-3’ бағытына тізбегі. Осылайша, кері праймер кодтау тізбегінің 3' ұшына қосымша ретінде жасалған. Кері және тура праймерлер мақсатты немесе мүдделі ДНҚ-ның белгілі бір аймақтарының миллиондаған миллиардтаған көшірмелерін жасау үшін маңызды.
Промоутер дегеніміз не?
Промотор – бұл геннің транскрипция инициациясының 5′ ұшында немесе жоғарыда орналасқан ДНҚ тізбегі. Ол геннің транскрипциясын бастау үшін РНҚ-полимеразаны және белгілі бір реттеуші элементтерді байланыстыру орнын қамтамасыз етеді. Бұл генді қосу немесе өшіру үшін қажет реттеу тізбегі. Промоторда белгілі бір нуклеотидтер тізбегі бар. Оның 100-1000 негізгі жұбы болуы мүмкін. Промоутер транскрипцияның бағытын көрсетеді. Сонымен қатар, ол транскрипциялануы тиіс мағыналық жолды көрсетеді.
02-сурет: Геннің промоторы
Негізгі промотор, проксимальды промотор және дистальды промотор сияқты промотор элементтерінің үш түрі бар. Негізгі промотор – транскрипцияны бастау үшін қажетті промотордың ең аз бөлігі. Ол бастапқы кодонға ең жақын орналасқан. TATA жәшігі - көптеген эукариоттық ядро промоторларында кездесетін сақталған аймақ. Ол транскрипцияның басталу орнынан 25-тен 35-ке дейінгі негізгі жұптардан жоғары орналасқан. Проксимальды промотор негізгі промоторға жоғары қарай орналасқан. Әдетте, ол бастапқы кодонға дейін 250 базалық жұп жоғары орналасқан және бастапқы реттеуші элементтерді қамтиды. Дистальды промотор проксимальды промоторға жоғары қарай орналасқан және оның құрамында қосымша реттеуші элементтер бар. Бактериялық промоторлардың промоторларында екі қысқа ретті элементтер бар. TATAAT - бактериялық промотордың -10-да орналасқан консенсус тізбегі, ал TTGACA -35-те консенсус тізбегі. Олар -10 элемент және -35 элемент ретінде белгілі.
Праймер мен промоутердің қандай ұқсастықтары бар?
- Праймер және промотор - ДНҚ тізбегінің екі түрі.
- Олар нуклеотидтер тізбегінен тұрады.
- Праймер де, промотор да ген экспрессиясы үшін маңызды.
Праймер мен промоутердің айырмашылығы неде?
Праймер – мақсатты ДНҚ-ны күшейтуге арналған қысқа нуклеотидтер тізбегі. Керісінше, промотор - бұл геннің транскрипциясының басталу орнына дейін жоғарыда табылған белгілі бір реттеуші ДНҚ тізбегі. Сонымен, бұл праймер мен промоутердің негізгі айырмашылығы. Праймерлер шамамен 20 негізгі жұпты құрайды, ал промоутерде 100-1000 негізгі жұп болуы мүмкін. Функционалды түрде праймерлер жаңа тізбек синтезі үшін бастапқы тізбектер ретінде қызмет етеді, ал промоторлар РНҚ полимераза және басқа транскрипция факторларын байланыстыру орындарын қамтамасыз ету арқылы ген транскрипциясын бақылайды.
Сонымен қатар, промотор транскрипцияның бағыты ретінде анықталады және геннің сезім тізбегін көрсетеді. Құрылымдық жағынан праймер қысқа, бір тізбекті ДНҚ тізбегі, ал промотор ұзын екі тізбекті ДНҚ тізбегі.
Төмендегі инфографикалық кестеде праймер мен промотор арасындағы айырмашылыққа қатысты көбірек салыстырулар берілген.
Қорытынды – Primer және Promoter
Праймерлер – мақсатты ДНҚ қос тізбегінің бүйірлік ұштарын толықтыратын қысқа нуклеотидтер тізбегі. ПТР-да праймерлердің екі түрі қолданылады. Олар жаңа тізбектердің синтезі үшін бастапқы тізбектер ретінде қызмет етеді. Праймерлер коммерциялық мақсатта жасалған және олар температураға тұрақты тізбектер. Екінші жағынан, промотор - бұл транскрипцияның басталу орнына дейін жоғары орналасқан геннің реттеуші тізбегі. Промоторлар гендердің транскрипциясын бақылайды. Олар транскрипцияны бастау үшін РНҚ-полимераза және транскрипция факторларын байланыстыру орындарын қамтамасыз етеді. Осылайша, бұл праймер мен промотор арасындағы айырмашылықтың қысқаша мазмұны.
