NGS мен WGS арасындағы негізгі айырмашылық мынада: келесі ұрпақ секвенциясы (NGS) - бұл жоғары өткізу қабілеті, төмен құны және жылдам болатын жаппай параллельді екінші буынды секвенирлеу технологиясы, ал тұтас геномды секвенирлеу (WGS) Сэнджер секвенциясы, шолақ мылтықпен тәсіл немесе жоғары өткізу қабілетті NGS секвенциясы сияқты секвенирлеу әдістерін қолдану арқылы бір уақытта жасушаның бүкіл геномдық ДНҚ-сын талдаудың кешенді әдісі.
Соңғы бірнеше онжылдықта адамдар мен басқа жануарлардың геномын түсіну жылдам секвенирлеу әдістері мен биоинформатика құралдарының ашылуына байланысты жаппай өсті. Сэнгер секвенциясы сияқты дәстүрлі секвенирлеу әдістерінің шектеулері болды, бұл келесі ұрпақ секвенциясы (NGS) және нанопора секвенциясы сияқты жаңа жылдам секвенирлеу әдістерін әзірлеуді талап етті. Бүкіл геномды секвенирлеу (WGS) әдісі - бұл көптеген геномдық зерттеу жобаларында, мысалы, Genomic England, Ұлыбританияның 100 000 геномдық жобасы сияқты жақында қолданылған әдіс. Сонымен, NGS және WGS - қазіргі уақытта көптеген геномдық жобаларға енгізілген екі реттілік әдісі.
NGS дегеніміз не?
NGS (келесі ұрпақ секвенциясы) – жоғары өткізу қабілеті, төмен құны және жылдамдығы бар екінші буынды секвенирлеудің жаппай параллельді технологиясы. Келесі ұрпақ секвенциясының нақты анықтамасы жоқ. Бірақ біз оны кәдімгі капиллярларға негізделген секвенирлеу әдістерінен анық ажырата аламыз. Келесі ұрпақ секвенциясы бір экспериментте жалпы өлшемі 1 миллион базалық жұптан асатын ДНҚ молекуласын секвенирлеуге мүмкіндік береді. Ол бұрын-соңды болмаған жылдамдық пен жоғары өткізу мүмкіндігін ұсынады, мысалы, бір уақытта бірнеше адамның ДНҚ-сын секвенирлеуге мүмкіндік береді. Бұған жеке реттілік реакцияларының көлемін кішірейту арқылы қол жеткізіледі. Сонымен қатар, бұл құралдардың өлшемін шектейді және бір реакцияға реагенттердің құнын азайтады.
01-сурет: NGS платформалары
NGS - биологиялық зерттеу саласында төңкеріс жасаған қысқа оқылатын секвенирлеу әдісі. Сонымен қатар, NGS де жаңа геномды секвенирлеу, толық геномды секвенирлеу, транскриптомды талдау, шағын РНҚ және микро РНҚ секвенциясы, мақсатты қайта секвенирлеу және толық экзома секвенциясы сияқты әртүрлі салаларда қолданылады.
WGS дегеніміз не?
WGS (толық геномдық секвенирлеу) - Сэнджер секвенциясы, шолақ ату әдісі немесе жоғары өткізу қабілетті NGS секвенциясы сияқты секвенирлеу әдістерін қолдану арқылы бір уақытта жасушаның бүкіл геномдық ДНҚ-сын талдаудың кешенді әдісі. Ол сондай-ақ толық геномды секвенирлеу немесе толық геномдық реттілік ретінде белгілі. Тұтас геномды секвенирлеу организмнің барлық хромосомалық ДНҚ-сын, сондай-ақ митохондриядағы ДНҚ-ны, ал өсімдіктер үшін хлоропласттағы ДНҚ-ны бір уақытта секвенирлеуді талап етеді. WGS ғалымдарға ДНҚ-ның толық жинағын құрайтын барлық әріптердің дәл тізбегін оқуға мүмкіндік береді. NGS платформасын пайдаланатын WGS клиникалық орнатуда төңкеріс жасайды деп күтілуде.
02-сурет: WGS және иерархиялық мылтық секвенциясы
Тұтас геномды секвенирлеу клиникалық көмекке 2014 жылы енгізілді. Сонымен қатар, WGS қолдану ассоциациялық зерттеулердегі функционалдық нұсқаларды анықтау үшін SNP деңгейінде гендердің секвенирленуін, жекелендірілген медицинадағы терапевтік араласуды, эволюциялық биологияны, салыстырмалы геномдық талдауды қамтиды., мутациялар мен қайта құрылымдау зерттеулері, сирек нұсқалардың ассоциациясын зерттеу және ауруға бейімділік пен дәрілік реакцияны болжау.
NGS және WGS арасындағы қандай ұқсастықтар бар?
- NGS және WGS - екі реттілік техникасы.
- Екі әдіс те ДНҚ немесе РНҚ ретін белгілейді.
- Бұл әдістер жаңа және сенімді.
- Олардың екеуі де ауруларды диагностикалауда және препараттарды табуда қолданылады.
NGS және WGS арасындағы айырмашылық неде?
NGS – жоғары өткізу қабілеттілігі, төмен құны және жылдам екінші буынды секвенирлеудің жаппай параллельді технологиясы, ал WGS – секвенирлеу әдістерін қолдану арқылы бір уақытта жасушаның бүкіл геномдық ДНҚ-сын талдаудың кешенді әдісі. Сангер секвенциясы, шолақ мылтықпен жақындау немесе жоғары өткізу қабілетті NGS секвенциясы ретінде. Сонымен, бұл NGS мен WGS арасындағы негізгі айырмашылық. Сонымен қатар, NGS тек екінші буынды реттілік әдістерінен тұрады, ал WGS бірінші, екінші және үшінші буынды реттілік әдістерінен тұрады.
Келесі кесте NGS және WGS арасындағы айырмашылықтарды қатар салыстыру үшін кесте түрінде ұсынады.
Қорытынды – NGS және WGS
Соңғы онжылдықтарда қазіргі молекулярлық зерттеулерде әртүрлі секвенирлеу әдістері жүйелі түрде қолданылды. Тіпті олар көптеген клиникалық қолданбалар үшін өте қуатты құралдар болып табылады. NGS және WGS - қазіргі уақытта көптеген геномдық жобаларға енгізілген екі реттілік әдісі. NGS – жоғары өткізу қабілеттілігі, құны төмен және жылдам болатын екінші буынды секвенирлеу технологиясы. Екінші жағынан, WGS - бұл Sanger секвенциясы, шолақ ату әдісі немесе жоғары өткізу қабілетті NGS секвенциясы сияқты секвенирлеу әдістерін қолдану арқылы бір уақытта жасушаның толық геномдық ДНҚ немесе толық геномдық ДНҚ талдау әдісі. Сонымен, бұл NGS және WGS арасындағы айырмашылықтың қысқаша мазмұны.
