Молекулярлық қондыру мен скоринг арасындағы негізгі айырмашылық мынада: қондыру екі молекула арасындағы байланысу жақындығын анықтау үшін қолданылатын әдіс, ал балл қою - қолайлы молекулааралық әрекеттесулердің санын санау арқылы белгілі бір позаны бағалау процесі.
Молекулярлық қондыру және скоринг терминдері молекулалық модельдеу саласында қолданылады. Молекулалық модельдеу – берілген заттағы әртүрлі молекулалардың ықтимал орналасуын анықтау үшін қолданылатын әдіс. Бұл әдіс жаңа тұрақты қосылыстар жасауда маңызды.
Молекулярлық қондыру дегеніміз не?
Молекулалық қондыру – рецепторға кандидат лигандының байланысуының есептеу моделі. Бұл әдіс тұрақты кешен құру үшін бір-бірімен байланысқан кезде бір молекуланың басқа молекулаға қолайлы бағдарын болжайды. Бұл әдістемеден алынған нәтижелерді екі молекула арасындағы байланыс күшін немесе байланысу жақындығын болжау үшін пайдалануға болады. Бұл жерде молекулалық баллдық функция да маңызды.
01-сурет: Биологиялық жүйелердегі молекулалық өзара әрекеттесу процесін көрсететін қарапайым диаграмма
Жалпы, бұл әдіс белоктар, пептидтер, нуклеин қышқылдары, көмірсулар және липидтер сияқты биологиялық маңызды молекулаларды қарастырады. Бұл молекулалар өте маңызды және олар біздің денеміздегі сигнал беру механизмдерінде маңызды рөл атқарады. Демек, осы сигнал беру процесі үшін байланыстырылатын екі молекуланың бағыты осы жерде өндірілетін сигнал түріне әсер етеді. Яғни; молекулярлық қондыру биологиялық жүйелерде сигнал беру кезінде өндірілетін сигналдың күші мен түрін анықтауда маңызды.
Сонымен қатар, құрылымға негізделген препараттарды жобалауда молекулалық қондыру әдістері маңызды. Бұл лигандтар сияқты шағын молекулалардың қолайлы байланыстыру орнына байланыстыру конформациясының болжамдылығына байланысты.
Молекулалық бағалау дегеніміз не?
Молекулалық балл – молекулалық қондыру барысын бағалауда пайдалы математикалық функция түрі. Есептеу химиясы саласында қондыру процесінен кейін екі молекула арасындағы байланысу жақындығын болжау үшін баллдық функциялар қолданылады. Мысалы, егер бізде дәрілік заттың шағын молекуласы болса және ақуыз сияқты биологиялық нысана болса, біз препараттың байланысу орнына жақындығын бағалай аламыз. Сонымен қатар, молекулалық скоринг екі ақуыз арасындағы немесе ақуыз бен ДНҚ молекулалары арасындағы молекулааралық әрекеттесулерді болжау үшін пайдаланылуы мүмкін.
02-сурет: қысқаша бағалау функциясы
Молекулярлық скорингтің негізгі қолданылуы дәрілік заттарды жобалау процестерінде болып табылады, мысалы, виртуалды скрининг, жаңа дизайн, қорғасынды оңтайландыру, т.б.
Молекулярлық қондыру мен скорингтің айырмашылығы неде?
Молекулярлық қондыру және балл қою молекулалық модельдеуде маңызды. Молекулярлық қондыру мен скорингтің негізгі айырмашылығы мынада: қондыру екі молекула арасындағы байланыстыру жақындығын анықтау үшін қолданылатын әдіс, ал балл қою - қолайлы молекулааралық әрекеттесулердің санын санау арқылы белгілі бір позаны бағалау процесі.
Келесі инфографика молекулалық қондыру мен скоринг арасындағы айырмашылықты қорытындылайды.
Қорытынды – Молекулярлық қондыру және Скоринг
Молекулярлық қондыру және балл қою молекулалық модельдеуде маңызды. Молекулярлық қондыру мен скорингтің негізгі айырмашылығы мынада: қондыру екі молекула арасындағы байланыстыру жақындығын анықтау үшін қолданылатын әдіс, ал балл қою - қолайлы молекулааралық әрекеттесулердің санын санау арқылы белгілі бір позаны бағалау процесі.
