Негізгі айырмашылық – AFLP және RFLP
ДНҚ зерттеулерінің филогенетикалық байланыстарды түсіну және анықтау, генетикалық ауруларды диагностикалау және организмнің геномдарын картаға түсіруде үлкен маңызы бар. ДНҚ талдауымен байланысты бірнеше әдістер белгілі бір генді немесе белгісіз ДНҚ пулындағы ДНҚ тізбегін анықтау үшін де қолданылады. Олар молекулалық маркерлер ретінде белгілі. Күшейтілген фрагмент ұзындығы полиморфизмі (AFLP) және шектеу фрагментінің ұзындығы полиморфизмі (RFLP) - организмдер арасындағы генетикалық өзгерістерді анықтау үшін молекулалық биологияда әзірленген екі молекулалық маркерлер (әдістер). Екі әдіс те бірдей маңызды және артықшылықтары мен кемшіліктері бар. AFLP мен RFLP арасындағы негізгі айырмашылық мынада: AFLP қорытылған ДНҚ-ның таңдамалы ПТР күшейтуін қамтиды, ал RFLP ДНҚ фрагменттерінің таңдамалы ПТР күшейтуін қамтымайды.
AFLP дегеніміз не?
AFLP (күшейтілген фрагмент ұзындығы полиморфизмі) молекулалық биологиядағы маңызды құрал болып табылады және генетикалық вариацияны талдауда кеңінен қолданылады. AFLP фрагменттелген геномдық ДНҚ-ның спецификалық ПТР күшейтуіне және гельдік электрофорез арқылы авторардиографтар арқылы полиморфизмді анықтауға негізделген. AFLP әртүрлі патшалықтардың өсімдіктерді, жануарларды, бактерияларды және саңырауқұлақтарды қоса алғанда, штаммдардағы немесе тығыз байланысты түрлерінің генетикалық айырмашылықтарын анықтауға кеңінен үлес қосады. AFLP белгісіз ДНҚ үлгілерінің аз мөлшерімен жүргізілуі мүмкін. Ол зондтардың реттілігін алдын ала білуді және жобалауды қажет етпейді.
AFLP қадамдары
- ДНҚ изоляциясы
- ДНҚ-ның рестрикциялық эндонуклеазалармен қорытылуы
- Адапторлармен шектелген ДНҚ фрагменттерін байлау
- Арнайы шектеу орындары бар фрагменттерді таңдаулы күшейту
- Гель электрофорезі арқылы ПТР өнімдерін бөлу
- Гель матрицасын авторрадиография арқылы визуализациялау
AFLP – ДНҚ тізбегін алдын ала білмей-ақ, саңырауқұлақтарды, бактерияларды, өсімдіктерді және жануарларды қоса, бірнеше таксондардың ДНҚ профилін жасауда қолдануға болатын неғұрлым сезімтал және қайталанатын әдіс. Ол өте сезімтал табиғатына байланысты популяциялардағы жеке адамдар арасындағы шамалы айырмашылықтарды анықтауға көмектеседі. AFLP сонымен қатар геномды карталауда, криминалистикалық зерттеулерде, ата-аналық тестілеуде, генотиптеуде және т.б. маңызды.
01-сурет: AFLP
RFLP дегеніміз не?
Шектеу фрагментінің ұзындығы полиморфизмдері (RFLPs) – гомологиялық ДНҚ тізбегіндегі генетикалық вариацияларды анықтау үшін қолданылатын әдіс. Бұл ДНҚ профилін жасау үшін жасалған бірінші әдіс. Ағзалардың бірегей ДНҚ саусақ іздері немесе ДНҚ профильдері бар. RFLP түрі ішілік немесе жақын туысқан организмдердің ДНҚ профильдері арасындағы вариацияны талдаудың маңызды құралы ретінде қызмет етеді, өйткені гомологтық тізбектерде белгілі бір ағзаға ғана тән әртүрлі шектеу орындары (орналасуы) болады. Гомологиялық ДНҚ-ны арнайы рестрикциялық эндонуклеазалармен қорытқанда, бұл әрбір жеке тұлғаға тән әртүрлі ДНҚ профильдерін тудырады. Сондықтан, бұл әдістің принципі гомологтық ДНҚ-ны арнайы шектеу ферменттерімен шектеу арқылы организмдер арасындағы генетикалық вариацияны анықтау және гельдік электрофорез және блтинг арқылы фрагмент ұзындығының полиморфизмін талдау. Кептіру үлгілері әр ағзаға тән және нақты генотиптерді сипаттайды.
RFLP қадамдары
- Үлгілерден ДНҚ-ның жеткілікті мөлшерін бөліп алу
- ДНҚ үлгілерінің арнайы рестрикциялық эндонуклеазалары бар қысқа реттілікке фрагментациясы
- Алынған фрагменттерді агарозды гель электрофорезі арқылы әртүрлі ұзындықтармен бөлу.
- Гель профилін Southern Blotting арқылы мембранаға тасымалдау
- Таңбаланған зондтармен мембрананы будандастыру және әрбір профильдегі фрагмент ұзындығы полиморфизмін талдау
RFLP – аурудың тұқым қуалауын анықтауда және отбасы мүшелерінің арасында аурудың пайда болу қаупін анықтауда өте маңызды әдіс. RFLP сонымен қатар геномды карталауда, сот сараптамасында қылмыскерлерді анықтауда, әке болуды анықтауда және т.б. жиі қолданылады. RFLP-де бірнеше шектеулер бар. RFLP гибридизацияға арналған зондтарды жобалау үшін реттілік деректерін алдын ала білуді талап етеді. Сондай-ақ талдау үшін үлгіден ДНҚ-ның жеткілікті мөлшерін бөліп алу қажет, бұл сот-медициналық зерттеулерде қиын.
01-сурет: RRFLP салыстыру
AFLP пен RFLP арасындағы айырмашылық неде?
ALFP және RFLP |
|
| AFLP қорытылған ДНҚ-ның таңдамалы ПТР күшейтуін қамтиды. | RFLP, ПТР-RFLP болмаса, ПТР-ны қамтымайды. |
| Тізбекті білу | |
| Алдыңғы реттілік туралы білім талап етілмейді. | Дайын RFLP зондтары үшін алдын ала реттілік туралы білім қажет. |
| Сенімділік | |
| Бұл сенімдірек. | Бұл AFLP салыстырғанда сенімді емес. |
| Полиморфизмді анықтау тиімділігі | |
| Бұл RFLP-ге қарағанда полиморфизмді анықтау тиімділігі жоғары. | Бұл AFLP-пен салыстырғанда тиімдірек. |
| Құны | |
| Бұл RFLP-пен салыстырғанда сәл қымбат. | Бұл AFLP-пен салыстырғанда арзанырақ. |
| Қолданбалар | |
| AFLPs геном картасына, ДНҚ саусақ ізіне, генетикалық әртүрлілікті зерттеуге, әке болуды анықтауға және сот сараптамасына қолданылды | RFLP талдауы геномдық карта жасауда, генетикалық бұзылулар гендерін локализациялауда, ауру қаупін анықтауда және әке болуды анықтауда маңызды құрал болып табылады. |
Қорытынды – AFLP және RFLP
AFLP және RFLP - молекулалық биологиядағы әртүрлілікті бағалау және генетикалық қатынастарды бағалау үшін генетикалық маркерлер ретінде қолданылатын екі әдіс. AFLP RFLP-ге қарағанда организмдер арасындағы генетикалық полиморфизмді анықтаудың тиімді және сезімтал әдісі ретінде қызмет етеді. Дегенмен, бұл екі әдістің де генетикалық вариацияларды анықтаудағы тиімділігі әртүрлі болғанымен, олар әлі де ДНҚ саусақ ізін алу және ауруды диагностикалау үшін қолданылады.
