MLVA мен MLST арасындағы негізгі айырмашылық мынада: MLVA микроб түрлерін сипаттау үшін тандемді қайталанатын ДНҚ тізбегінің полиморфизмін пайдаланады, ал MLST микроб түрлерін сипаттау үшін бірнеше шаруашылық гендерінің ішкі фрагменттерінің ДНҚ тізбегінің полиморфизмін пайдаланады.
Микробтық теру әдетте инфекцияның көзі мен жолдарын анықтау үшін қолданылады. Ол індетті растайды немесе жоққа шығарады. Микробты теру сонымен қатар денсаулық сақтаумен байланысты патогендердің айқаспалы берілуін қадағалайды және вирулентті штаммдарды таниды. Сонымен қатар, микробтық типтеу патогенді микроб түрлерімен күресу шараларының тиімділігін бағалайды. MLVA және MLST - микробтарды типтеуде қолданылатын екі молекулалық биологиялық әдіс.
MLVA дегеніміз не?
Бірнеше локусты VNTR талдауы (MLVA) микроб түрлерін сипаттау үшін тандемді қайталанатын ДНҚ тізбектерінің полиморфизмін пайдаланатын молекулалық биологиялық әдіс болып табылады. Бұл белгілі бір микроб түрлерінің генетикалық талдауы үшін қолданылатын әдіс.
MLVA бірінші қадамында әрбір мақсатты VNTR локусы жан-жағындағы аймаққа тән праймерлері бар ПТР арқылы күшейтіледі. Содан кейін алынған фрагменттердің өлшемі капиллярлық секвенсерде электрофорез арқылы бөлінеді. Әрбір локустың генотипі және әрбір үлгіден құрастырылған нәтижелер түрі белгілі микроорганизмді сипаттауға мүмкіндік береді. Ол сонымен қатар аллельді теру және MLVA дерекқорларымен салыстыру арқылы кіші түрлерді анықтауға мүмкіндік береді.
01-сурет: MLVA
Бұл MLVA әдісі MLST әдісіне қарағанда таңдаулырақ. Сонымен қатар, MLVA әдісі ДНҚ секвенирлеу қадамын қажет етпейді. Осылайша, бұл жақын кіші түрлерді немесе клондық түрлерді ажыратуға мүмкіндік береді.
MLST дегеніміз не?
Multilocus sequence typing (MLST) - микроб түрлерін сипаттау үшін бірнеше үй шаруашылығы гендерінің ішкі фрагменттерінің ДНҚ тізбегінің полиморфизмін пайдаланатын әдіс. MLST – бірнеше локустарды теруге арналған генетикалық талдау әдісі.
02-сурет: MLST
Бұл микроб түрлерінің әртүрлі штаммдарын ажырату үшін анықтамалық әдіс ретінде пайдаланылатын секвенирлеуді терудің бір түрі. Бұл әдіс үй шаруашылығы гендерін секвенирлеуге негізделген. Тұрмыстық гендер әдетте бактерия сияқты микробтық агенттердің маңызды ақуыздарын кодтайды. Тұрмыстық гендердің бұл тізбегі уақыт өте тұрақты полиморфизмді көрсететін ерекшелікке ие. Демек, шаруашылық гендерінің тізбектеріндегі айырмашылықтар штаммдарды бір-бірінен ажырату үшін жеткілікті. Сонымен қатар, алғашқы әзірленген MLST схемасы Neisseria meningitidis, менингококкты менингит пен септицемияның қоздырғышы болды. MLST енгізілгеннен бері тек адам қоздырғыштары үшін ғана емес, сонымен қатар өсімдік патогендері үшін де қолданылды.
MLVA және MLST арасындағы қандай ұқсастықтар бар?
- MLVA және MLST - микробтарды типтеуде қолданылатын екі молекулалық биологиялық әдіс.
- Екі әдісті де микробтық филогенетикалық талдау үшін пайдалануға болады.
- Екі әдіс те генетикалық полиморфизмге негізделген.
- Оларды микробтық патогендер тудыратын адам ауруларын анықтау үшін пайдалануға болады.
- Екі әдісті де білікті молекулярлық биологтар орындауы керек.
MLVA мен MLST арасындағы айырмашылық неде?
MLVA - микроб түрлерін сипаттау үшін тандемді қайталанатын ДНҚ тізбегінің полиморфизмін пайдаланатын әдіс. Сонымен қатар, MLST - бұл микроб түрлерін сипаттау үшін көптеген шаруашылық гендерінің ішкі фрагменттерінің ДНҚ тізбегінің полиморфизмін қолданатын әдіс. Осылайша, бұл MLVA мен MLST арасындағы негізгі айырмашылық. Сонымен қатар, MLVA әдісі MLST әдісіне қарағанда таңдаулырақ.
Төмендегі инфографика MLVA мен MLST арасындағы айырмашылықтарды қатар салыстыру үшін кесте түрінде ұсынады.
Қорытынды – MLVA және MLST
MLVA және MLST - микробтарды типтеуде қолданылатын екі молекулалық биологиялық әдіс. MLVA микробтық түрлерді сипаттау үшін тандемді қайталанатын ДНҚ тізбегінің полиморфизмін пайдаланады, ал MLST микроб түрлерін сипаттау үшін бірнеше шаруашылық гендерінің ішкі фрагменттерінің ДНҚ тізбегінің полиморфизмін пайдаланады. Демек, бұл MLVA мен MLST арасындағы негізгі айырмашылық.
