Негізгі айырмашылық – Alpha Helix пен Бета бүктелген парақ
Альфа спиральдары және бета бүктелген парақтар - полипептидтік тізбектегі ең көп кездесетін екі қосалқы құрылым. Бұл екі құрылымдық компонент полипептидтік тізбекті бүктеу процесінің алғашқы негізгі қадамдары болып табылады. Alpha Helix және Beta Pleated Sheet арасындағы негізгі айырмашылық олардың құрылымында; олардың белгілі бір жұмысты орындауға арналған екі түрлі пішіні бар.
Alpha Helix дегеніміз не?
Альфа спираль – полипептидтік тізбектегі аминқышқылдарының қалдықтарының оң жақ орамы. Амин қышқылы қалдықтарының ауқымы 4-тен 40 қалдыққа дейін өзгеруі мүмкін. Үстіңгі катушкадағы C=O тобындағы оттегі мен төменгі катушканың N-H тобының сутегі арасында түзілген сутектік байланыстар катушканы бірге ұстауға көмектеседі. Тізбектегі әрбір төрт амин қышқылы қалдығы үшін жоғарыда көрсетілгендей сутектік байланыс түзіледі. Бұл біркелкі үлгі оған катушканың қалыңдығы сияқты белгілі мүмкіндіктерді береді және ол спираль осі бойынша әрбір толық айналымның ұзындығын белгілейді. Альфа спираль құрылымының тұрақтылығы бірнеше факторларға байланысты.
О атомдары қызыл, N атомы көк және сутегі байланыстары жасыл нүктелі сызықтар түрінде
Бета бүктелген парақ дегеніміз не?
Бета бүктемелі парақ, бета парағы деп те белгілі, белоктардағы қайталама құрылымның екінші нысаны ретінде қарастырылады. Оның құрамында суретте көрсетілгендей бұралған, бүктелген парақты қалыптастыру үшін кем дегенде екі немесе үш магистральдық сутегі байланыстары арқылы бүйірден қосылған бета жіптері бар. Бета жіп - полипептидтік тізбектің созылуы; оның ұзындығы әдетте 3-тен 10-ға дейінгі аминқышқылдарына тең, оның ішінде кеңейтілген растаудағы тірек.
4-тізбекті антипараллель β парақ фрагменті каталаза ферментінің кристалдық құрылымынан.
a) іргелес жіптердегі пептид NH және CO топтары арасындағы антипараллельді сутегі байланыстарын (нүкте) көрсетеді. Көрсеткілер тізбектің бағытын көрсетеді, ал электронды тығыздық контурлары Н емес атомдарды көрсетеді. Қарапайымдылық үшін O атомдары қызыл шарлар, N атомдары көк, ал H атомдары көрсетілмеген; бүйірлік тізбектер бірінші бүйірлік тізбек С атомына ғана көрсетіледі (жасыл)
b) Орталық екі β жіптің шетінен көрінісі
Бета бүктелген парақтарда полипептидтік тізбектер бір-бірімен қатар жүреді. Ол құрылымның толқын тәрізді көрінісіне байланысты «бүрмеленген парақ» атауын алады. Олар бір-бірімен сутектік байланыстар арқылы байланысқан. Бұл құрылым полипептидтік тізбекті созу арқылы көбірек сутектік байланыстар құруға мүмкіндік береді.
Alpha Helix пен бета бүктемелі парақтың айырмашылығы неде?
Альфа спиральының және бета бүктемелі парақтың құрылымы
Альфа спираль:
Бұл құрылымда полипептидтік магистраль спиральды құрылым ретінде ойша осьтің айналасында тығыз байланысқан. Ол пептидтік тізбектің спираль тәрізді орналасуы ретінде де белгілі.
Альфа спираль құрылымының түзілуі полипептидтік тізбектер спираль түрінде бұралған кезде болады. Бұл тізбектегі барлық аминқышқылдарының бір-бірімен сутегі байланыстарын (оттегі молекуласы мен сутегі молекуласы арасындағы байланыс) құруына мүмкіндік береді. Сутегі байланыстары спиральдың спираль пішінін ұстап тұруына мүмкіндік береді және тығыз катушка береді. Бұл спираль пішіні альфа спиралін өте күшті етеді.
Сутегі байланыстары сары нүктелермен белгіленген.
Бета бүктелген парақ:
Екі немесе одан да көп полипептидтік тізбек(тер) фрагменттері бір-бірімен қабаттасып, бір-бірімен сутектік байланыстар қатарын құраса, келесі құрылымдарды табуға болады. Ол екі жолмен болуы мүмкін; параллель орналасу және параллельге қарсы орналасу.
Құрылым мысалдары:
Альфа спираль: саусақтардың немесе аяқтың тырнақтарын альфа спираль құрылымына мысал ретінде алуға болады.
Бета бүктемелі парақ: қауырсындардың құрылымы бета бүктемелі парақтың құрылымына ұқсас.
Құрылымның ерекшеліктері:
Альфа спираль: альфа спираль құрылымында спиральдың бір айналымына 3,6 аминқышқылдары бар. Барлық пептидтік байланыстар транс және жазық, ал пептидтік байланыстардағы N-H топтары бір бағытта бағытталған, бұл шамамен спираль осіне параллель. Барлық пептидтік байланыстардың C=O топтары қарама-қарсы бағытты көрсетеді және олар спираль осіне параллель. Әрбір пептидтік байланыстың C=O тобы сутегі байланысын құрайтын пептидтік байланыстың N-H тобымен байланысады. Барлық R- топтары спиральдан сыртқа бағытталған.
Бета бүктелген парақ: бета бүктелген парақтағы әрбір пептидтік байланыс жазық және транс-конформациясы бар. Көршілес тізбектердегі пептидтік байланыстардың C=O және N-H топтары бір жазықтықта орналасқан және олардың арасында сутегі байланысын құра отырып, бір-біріне бағытталған. Кез келген тізбектегі барлық R- топтары парақ жазықтығының үстінде және астында болуы мүмкін.
Анықтамалар:
Қосымша құрылым: бұл омыртқалы амид пен карбонил топтары арасындағы сутектік байланысқа байланысты қатпарлы ақуыздың пішіні.
