CDS пен ORF арасындағы негізгі айырмашылық мынада: CDS - бұл ақуызға айналатын геннің нақты нуклеотидтер тізбегі, ал ORF - трансляцияны бастау орнынан (бастапқы кодон) басталып, келесі нүктемен аяқталатын ДНҚ тізбегінің созылуы. аударманы тоқтату сайты (тоқтату кодоны).
Геннің кодтау тізбегі (CDS) болады. Ол геннің жалпы экзондарынан және бастапқы кодон мен тоқтату кодонынан тұрады. Бұл ақуызды аударатын және өндіретін геннің нақты бөлігі. Ашық оқу шеңбері немесе ORF – бастапқы кодон мен тоқтату кодоны арасында орналасқан нуклеотидтер тізбегі. ORF ішінде ақуызға айналатын генетикалық кодты тоқтататын кодон жоқ. Прокариоттарда геннің CDS және ORF бірдей.
CDS дегеніміз не?
CDS немесе кодтау тізбегі – геннің ақуызға айналатын бөлігі. Ол экзондардан және AUG кодон және тоқтату кодон деп аталатын екі кодоннан тұрады. CDS құрамында екі аударылмаған аймақ жоқ: 5’ UTR және 3” UTR. Оның үстіне интрондар CDS құрамына кірмейді.
01-сурет: кодтау реті
Тұлғаның бүкіл геномымен салыстырғанда, кодтау реттілігі аз ғана бөлшек болып табылады. Кодтау тізбегі ақуыздың аминқышқылдарының тізбегін жасау үшін қажетті нуклеотидтер тізбегінен тұрады. Сондықтан CDS - бұл нуклеотидтік үштіктерге немесе кодондарға бөлуге болатын шоғырланған экзондар. Кодондар аминқышқылдарын түзеді.
ORF дегеніміз не?
Ашық оқу шеңбері немесе ORF – бастапқы кодоннан басталып, тоқтату кодонымен аяқталатын нуклеотидтер тізбегінің үздіксіз созылуы. Қарапайым сөзбен айтқанда, ORF бастау және тоқтату кодондары арасында орналасқан нуклеотидтер тізбегінің аймағын білдіреді. Арасында ORF-ті үзетін тоқтау кодоны жоқ. Бастау және тоқтату кодонының арасындағы нуклеотидтер тізбегі аминқышқылдарын кодтайды. Әдетте, бастапқы кодон - ATG, ал тоқтату кодондары - TAG, TAA және TGA. ORF транскрипциялау және аудару кезінде функционалды ақуыз береді. Демек, ORF бастапқы кодонды, ортаңғы аймақтағы бірнеше кодонды және тоқтату кодонын қамтиды. Бір қызығы, ORF үшке бөлуге болатын ұзындығы бар.
02-сурет: оқу жақтауын ашу
Прокариоттарда интрондар болмағандықтан, ORF тікелей мРНҚ-ға транскрипцияланатын геннің кодтау тізбегі болып табылады. Сондықтан прокариоттарда CDS және PRF бірдей. Прокариоттарда гендерді іздеу кезінде ORF анықтау және прокариоттарда генді табу оңай. Эукариоттарда интрондар болғандықтан, ORF - өңдеуден немесе РНҚ сплайсингінен кейін пайда болатын кодон тізбегі. ORF – ұзақ ORF геннің бөлігі болуы мүмкін болғандықтан, генді болжауға көмектесетін дәлел.
CDS және ORF арасындағы қандай ұқсастықтар бар?
- Прокариоттарда CDS және ORF бірдей.
- Екеуінде де бастау және тоқтату кодоны бар.
- Олардың үшке бөлуге болатын нуклеотидтер саны бар.
- Олар аударылғаннан кейін аминқышқылдарының ретін шығарады.
CDS және ORF арасындағы айырмашылық неде?
CDS – ақуызға айналатын геннің нақты бөлігі, ал ORF – бастапқы кодон мен тоқтату кодоны арасындағы ДНҚ созылуы. Сонымен, бұл CDS пен ORF арасындағы негізгі айырмашылық. Сонымен қатар, CDS құрамында интрондар жоқ, бірақ ORF құрамында интрондар болуы мүмкін. CDS толық мРНҚ тізбегіне транскрипциялайды, ал ORF мРНҚ тізбегінің бөлігі бола алады. Осылайша, бұл CDS және ORF арасындағы тағы бір айырмашылық.
Төменде инфографикада CDS және ORF арасындағы айырмашылықтар қатар берілген.
Қорытынды – CDS және ORF
CDS және ORF геннің екі маңызды бөлігі болып табылады. CDS ақуызға айналатын ДНҚ-ның нақты аймағын білдіреді. ORF – «ATG» бастау кодонынан басталып, үш аяқтау кодондарының кез келгенімен (TAA, TAG немесе TGA) аяқталатын ДНҚ тізбегі. ORF геннің толық мРНҚ бөлігі болуы мүмкін. Дегенмен, геннің кодтау тізбегі толық мРНҚ тізбегін транскрипциялайды. Барлық CDS ORF болып табылады. Бірақ барлық ORF CDS емес. Осылайша, бұл CDS және ORF арасындағы айырмашылықты қорытындылайды.
