EcoRI мен HindIII шектеу ферменттерінің негізгі айырмашылығы мынада: EcoRI - E. coli-ден бөлінген II типті шектеу ферменті, ал HindIII - Haemophilus influenza-дан оқшауланған II типті шектеу ферменті.
Рестрикциялық фермент немесе рестрикциялық эндонуклеаза – ДНҚ молекуласындағы белгілі бір тану орындарында (шектеу орындарында) ДНҚ-ны фрагменттерге бөлетін фермент. Бұл шектеу ферменттері бактериялар мен архейлерде кездеседі. Олар вирустарға қарсы қорғаныс механизмін қамтамасыз етеді. Рестрикциялық ферменттер әдетте бес түрлі типке жіктеледі: I тип, II тип, III, IV тип және V тип. EcoRI және HindIII - шектеуші ферменттердің II типті тобына жататын екі шектеуші фермент.
EcoRI шектеу ферменттері дегеніміз не?
EcoRI – E.coli түрінен оқшауланған II типті шектеу ферменті. Бұл ДНҚ қос спиральдарын белгілі бір жерлерде фрагменттерге бөлетін шектеу ферменті. EcoRI сонымен қатар шектеу-модификация жүйесінің бөлігі болып табылады. EcoRI бастапқыда E. coli түрінің RY13 штаммынан бөлініп алынған бірінші фермент болды. Ол молекулярлық биологияда шектеу ферменті ретінде қолданылады. EcoRI 4 нуклеотидті жабысқақ ұштарын AATT-ның 5' ұштарымен ұштарын жасайды. EcoRI ДНҚ-ны белгілі G↓AATTC тану тізбегінде кеседі. Оның CTTAA↓G палиндромды комплементарлы тізбегі бар. Сонымен қатар, бұл шектеу ферменті II P типті (палиндромдық ерекшелік) қосалқы класына жатады. Өзінің негізгі құрылымында EcoRI көптеген басқа шектеу ферменттері сияқты белсенді аймағында PD. D/EXK мотивін қамтиды.
01-сурет: EcoRI
EcoRI шектеу ферменті 31 кДа-ның гомодимері болып табылады. Ол α/β архитектурасының бір глобулярлық доменін қамтиды. Әрбір суббірлікте глобулярлық доменнен шығып тұратын және байланысқан кезде ДНҚ-ны айналатын цикл бар. Бұл ферментті әдетте кесетін реттілікпен кокристалдануға болады. Сонымен қатар, EcoRI шектеу ферменті молекулярлық-генетикалық әдістердің кең ауқымында, соның ішінде клондау, ДНҚ скринингі және ДНҚ in-vitro жағдайларын жою бөлімдерінде қолданылады.
HindIII шектеу ферменттері дегеніміз не?
HindIII – Haemophilus influenza түрінен оқшауланған II типті шектеу ферменті. Ол гидролиз арқылы Mg2+ кофакторының қатысуымен AACCTT палиндромдық ДНҚ тізбегін ыдыратады. AA'S (5'A↓ACCTT3' және 3'TTCGA↓A5') арасындағы осы нақты тізбектің бөлінуі ДНҚ молекуласында жабысқақ ұштар деп аталатын 5' асып кетуге әкеледі. Бұл фермент бактериялар сияқты прокариоттық организмдерде кездеседі. Бактериялар бұл ферментті бактериофагтар сияқты вирустарға қарсы қорғаныс механизмі ретінде пайдаланады.
02-сурет: HindIII
Құрылымдық жағынан HindIII - гомодимер. Ол төрт β парақтан және бір α спиральдан тұратын жалпы құрылымдық ядродан тұрады, басқа II шектеу ферменттері сияқты. Бұл ферменттің молекулалық массасы 34,9 кДа. Сонымен қатар, HindIII заманауи молекулалық биологиялық ғылым эксперименттерінде өте пайдалы, мысалы, ДНҚ секвенциясы және картаға түсіру.
EcoRI және HindIII шектеу ферменттерінің қандай ұқсастықтары бар?
- EcoRI және HindIII - екінші типті шектеу ферменттері тобына жататын екі шектеуші фермент.
- EcoRI және HindIII 1970 жылдардың басында табылған.
- EcoRI және HindIII екеуі де PD.. D/EXK аминқышқылдарының реттілік мотивін қамтиды.
- Екі рестриктаза ферменті де ДНҚ-ның ерекше ыдырауын орындайды.
- Бұл шектеу ферменттері өздерінің ерекше белсенділігі үшін кофактор ретінде Mg2+ қажет.
- ДНҚ-ны кескеннен кейін олар жабысқақ ұштарды шығарады.
- Олар заманауи молекулалық биологиялық зерттеулерде өте пайдалы компоненттер.
EcoRI және HindIII шектеу ферменттерінің айырмашылығы неде?
EcoRI – E.coli түрінен оқшауланған II типті шектеу ферменті, ал HindIII – Haemophilus тұмауы түрінен оқшауланған II типті шектеу ферменті. Осылайша, бұл EcoRI мен HindIII арасындағы негізгі айырмашылық. Сонымен қатар, EcoRI ДНҚ-ны белгілі G↓AATTC тану тізбегінде кеседі, ал HindIII ДНҚ-ны A↓ACCTT арнайы тану тізбегінде кеседі.
Төмендегі инфографика EcoRI мен HindIII арасындағы айырмашылықтарды қатар салыстыру үшін кесте түрінде ұсынады.
Қорытынды – EcoRI және HindIII шектеу ферменттері
EcoRI және HindIII - II типті p қосалқы класына жататын екі шектеу ферменттері. Олар ДНҚ-ның өте ерекше бөлінуін орындайды. EcoRI – E.coli түрінен оқшауланған II типті шектеу ферменті, ал HindIII – Haemophilus influenza түрінен оқшауланған II типті шектеу ферменті. Сонымен, бұл EcoRI мен HindIII арасындағы айырмашылықты қорытындылайды.
