Контиг пен тіреуіштің негізгі айырмашылығы мынада: контигте бос орындар болмайды, ал тірек контигтер мен бос орындардан тұрады.
Көпжасушалы организмдердің геномдық реттілігі біржасушалы организмдердің секвенциясымен салыстырғанда өте қиын. Тұтас геномдық мылтық секвенциясы - көп жасушалы геномдар үшін геномды секвенирлеудің оңай және жылдам әдісі. Бұл көптеген қабаттасатын ДНҚ фрагменттерін параллельді ретке келтіретін әдіс. Бұл әдісте шағын фрагменттерді компьютердің көмегімен үлкенірек фрагменттерге, содан кейін үлкен контигтерге жинайды. Содан кейін контигтер тіректерге және соңында хромосомаға жиналады. Сондықтан контиг - бұл нуклеотидтер тізбегінің үздіксіз созылуы, ал тірек - контигтер мен бос орындардан тұратын геномның бөлігі. Контиг те, тірек те қайта құрылған геномдық тізбектер.
Contig дегеніміз не?
Contig – геномдық реттілік. Бұл A, C, G және T негіздерінен тұратын тізбектердің үздіксіз созылуы. Ол ДНҚ-ның бірнеше кішкене қабаттасатын биттерін ұзағырақ тізбекке біріктіру арқылы қалыптасады. Қарапайым сөзбен айтқанда, contig - бұл реттілік фрагменттерінің жиынтығы. Contig жасау қатарлардың қабаттасатын ұштарын анықтайтын жергілікті жолды сәйкестендіру және туралау әдістеріне негізделген қабаттасатын реттілік фрагменттерін анықтауды қамтиды.
Контигтерде бос орындар жоқ. Бұл тіреуіштің бір бөлігі. Контигтер тіректерді жасау кезінде бір-бірімен тізбектеледі. Ол геномдағы контигтердің салыстырмалы орналасуы мен бағыты туралы қосымша ақпаратты қажет етеді. Саңылаулар тіректегі контигтерді бөледі. Негізінде, контиг құрастыру тұтас геномдық мылтық секвенирлеудегі маңызды қадам болып табылады. Контигтер соңында толық геномдық реттілікке жиналады. Contig жинағы әдетте жолды сәйкестендіру және ретті туралау алгоритмдерін түсінуді талап етеді.
Скафоль дегеніміз не?
Скафлод – соңғы реттелген тұтас геномдық шолақ мылтық клондарынан қайта құрылған геномдық тізбек. Құрылымдық жағынан, тірек контигтер мен бос орындардан тұрады. Сондықтан тіректер контигтерді бір-біріне тізбектеп, оларды саңылаулармен бөлу арқылы жасалады. Скаффолды құру геномдағы контигтердің салыстырмалы орналасуы мен бағыты туралы ақпаратты қажет етеді. Тұтас геномдық шолақ мылтық жинағы әрбір геномдық тізбекті бір стендте көрсетуге бағытталған. Бірақ, бұл мүлдем мүмкін емес. Демек, бір хромосома бірнеше тіректермен ұсынылуы мүмкін. Кейде тіректер қабаттасуы мүмкін. Сонымен қатар, кейбір тіректерді құрастыру кезінде сүзуге болады.
02-сурет: Тұтас геномдық шолақ мылтық жинағына шолу
Тірек саңылауының ұзындығы оның шынайы ұзындығын көрсетпейді. Әдетте, бос орындар белгілі бір бекітілген ұзындықтарға ерікті түрде орнатылады. Демек, бұл олқылықтар мен олардың ұзындықтарындағы белгісіздік геномдардағы функционалды элементтердің шынайы кеңістіктік қатынастарын және жетіспейтін ақпараттың нақты көлемін түсінуде қиындықтар тудырады. Кейде бос орындар жетіспейтін геномдық ақпаратты білдіреді.
Contig және Scaffold арасындағы қандай ұқсастықтар бар?
- Contig және scaffold - нуклеотидтер тізбегінен тұратын геномдық тізбектер.
- Орталар контигтер мен бос орындардан тұрады.
Contig және Scaffold арасындағы айырмашылық неде?
Контиг – бұл реттілік фрагменттерінің жиынынан жиналған үздіксіз тізбек. Керісінше, тірек - бұл контигтерді біріктіру арқылы қалпына келтірілген геномдық тізбектің бөлігі. Сонымен, бұл контиг пен тірек арасындағы негізгі айырмашылық. Сонымен қатар, контигтерде саңылаулар болмайды, ал тіреуіштер саңылаулармен бөлінген.
Төменде инфографикада контиг пен тіреуіш арасындағы көбірек айырмашылықтар берілген.
Қорытынды – Contig және Scaffold
Тұтас геномды секвенирлеу жобаларында контиг те, тірек те қайта құрылған нуклеотидтер тізбегі болып табылады. Contig - бос орындарсыз A, C, G және T негіздерін қамтитын геномдық тізбектің үздіксіз созылуы. Скафольд - контигтер мен бос орындардан тұратын геномдық тізбек. Демек, ең қысқа құрастыру компоненттері контигтер, ал тіректер контигтердің жинақтары болып табылады. Соңында, тіректер тұтас геномдық реттілікте хромосомаларға жиналады. Осылайша, бұл contig және scaffold арасындағы айырмашылықты қорытындылайды.
