Иерархиялық және тұтас геномдық шолақ мылтық секвенциясының негізгі айырмашылығы мынада: иерархиялық шолақ мылтық секвенциясы кезінде геном секвенирлеу алдында үлкенірек фрагменттерге бөлінеді, ал тұтас геномдық шолақ мылтық секвенциясы кезінде бүкіл геном секвенирлеу үшін шағын фрагменттерге бөлінеді..
Секвенирлеу молекулалық процестерде, әсіресе түрлерді дәл анықтауда маңызды әдіс болып табылады. Шын мәнінде, бұл гендегі немесе геномдағы нуклеотидтердің нақты тәртібін анықтау әдісі. Секвенирлеудің көптеген әдістері бар. Олардың кейбіреулері Максам Гилберт әдісі, Сэнгер әдісі және автоматтандырылған Сангер әдісі.
Иерархиялық мылтық секвенциясы дегеніміз не?
Иерархиялық шолақ мылтық реттілігі - реттілік әдістерінің бірі. Оны «жоғарыдан төмен қарай реттілік» деп те атайды. Әрі қарай бұл әдіс екі кезеңнен тұрады: бірінші қадам – геномды күшейту, екінші қадам – геномды фрагментациялау. Бұл әдісте геном алдымен үлкен фрагменттерге бөлінеді. Одан кейін осы үлкен фрагменттерді векторларды немесе жасанды хромосомаларды пайдаланып әртүрлі хосттарға клондау жүреді. Содан кейін бұл рекомбинантты векторлар кітапханаға орналастырылады. Мылтықпен секвенирлеу кезінде рекомбинантты векторлық клондар жеке түрде секвенирлеуден өтеді. Клондардағы фрагменттер геномның көлемін одан әрі кішірейту үшін шектеу қорытуынан өтеді, осылайша секвенирлеуден өтеді.
01-сурет: атыс қаруының иерархиялық реттілігі
Иерархиялық шолақ мылтық секвенирлеу кезінде фрагменттердің үлкен бөліктері шолақ мылтық секвенирлеуден бұрын ретпен реттелуі керек. Ол клондау процесі кезінде енгізілген молекулалық маркерлердің көмегімен орын алады.
Иерархиялық шолақ мылтық секвенциясы төмен ажыратымдылықтағы ген картасын жасайды. Бірақ ол реттелген реттілік картасын жасайды. Осылайша, ол тікелей реттілікке қарағанда ұзағырақ уақытты алады. Бүкіл процесс рекомбинантты векторлық кітапхананы құруға байланысты кешіктіріледі. Бұл да көп еңбекті қажет ететін техника ма. Дегенмен, қазіргі уақытта техника жұмысты жеңілдету үшін автоматтандырылған.
Тұтас геномдық шолақ мылтық секвенциясы дегеніміз не?
Тұтас геномдық шолақ мылтық секвенциясы бір сатылы секвенирлеу процесі болып табылады. Бұл процесте алдымен геномның толық кесілуі орын алады. Осыдан кейін осы шағын фрагменттердің әрқайсысы кездейсоқ реттілікке ұшырайды. Тізбектеу аяқталғаннан кейін тізбектерді талдау жүргізіледі. Тізбекті талдау кезінде қабаттасатын реттіліктер жойылады және талдау реттелген процесс емес. Сондықтан, иерархиялық мылтық секвенирлеуімен салыстырғанда реттіліктерді құрастыру тиімділігі азырақ процесс. Дегенмен, тұтас геномды секвенирлеу процесі жылдамырақ және бүкіл геномды талдау бір данада орын алуы мүмкін.
Иерархиялық және тұтас геномдық шолақ мылтық секвенциясының қандай ұқсастықтары бар?
- Иерархиялық және тұтас геномдық шолақ мылтық секвенциясы екі реттілік тәсілі болып табылады.
- Екеуі де Sanger секвенирлеуінен немесе автоматтандырылған Sanger реттілік әдістерінен өтеді.
- Олар ДНҚ және РНҚ фрагменттерін секвенирлеуге қатысады.
- Сонымен қатар, екі әдіс те молекулалық диагностика мен зерттеу мақсаттарында маңызды.
- Қазір екі әдіс те автоматтандырылған немесе компьютерге негізделген.
- Екі әдіс те геномның фрагментациясына негізделген.
Иерархиялық және тұтас геномдық шолақ мылтық секвенциясының айырмашылығы неде?
Иерархиялық шолақ мылтық секвенциясы тізбектердің шағын фрагменттерімен жұмыс істейтін толық геномдық шолақ мылтық секвенциясымен салыстырғанда үлкенірек өлшемді фрагменттерді жасайды. Сонымен, бұл иерархиялық және тұтас геномдық мылтық секвенциясы арасындағы негізгі айырмашылық. Сонымен қатар, иерархиялық шолақ мылтық секвенциясы екі негізгі қадамнан тұрады, ал толық геномдық шолақ мылтық секвенциясы бір негізгі қадамға негізделген.
Сонымен қатар, иерархиялық және тұтас геномдық шолақ мылтық секвенциясының тағы бір айырмашылығы – иерархиялық шолақ мылтық секвенциясымен салыстырғанда ажыратымдылық толық геномдық шолақ мылтық секвенциясының жоғары болуы.
Төмендегі инфографика иерархиялық және тұтас геномдық шолақ мылтық секвенциясы арасындағы айырмашылықты қорытындылайды.
Қорытынды – иерархиялық және тұтас геномдық мылтық секвенциясы
Иерархиялық және тұтас геномдық шолақ мылтық секвенциясы үлкен геномдарды ретке келтірудің екі әдісі болып табылады. Иерархиялық мылтық тізбегі - бұл геном үлкенірек фрагменттерге бөлінген екі сатылы секвенирлеу процесі. Керісінше, тұтас геномдық мылтық секвенциясы бір сатылы секвенирлеу болып табылады, онда геном шағын фрагменттерге бөлініп, тікелей тізбектеледі. Осылайша, бұл иерархиялық және тұтас геномдық мылтық секвенциясы арасындағы негізгі айырмашылық. Сонымен қатар, техникалық аспектілер екі әдіс арасында әртүрлі болуы мүмкін.
