Тізімді теңестірудегі ұқсастық пен сәйкестікті арасындағы негізгі айырмашылық мынада: ұқсастық - салыстыру кезінде екі реттілік арасындағы ұқсастық (ұқсастық), ал сәйкестік - екі түрлі тізбектің арасында дәл сәйкес келетін таңбалар саны.
Биоинформатика – негізінен молекулалық биология мен генетиканы, информатиканы, математиканы және статистиканы қамтитын пәнаралық ғылым саласы. Тізбекті туралау биоинформатикадағы негізгі термин болып табылады. Бұл тізбектер арасындағы функционалдық, құрылымдық немесе эволюциялық қатынастың салдары болып табылатын ұқсастық аймақтарын анықтау үшін ДНҚ, РНҚ немесе ақуыз тізбегі реттелетін процедура. Туралаудың соңында олар матрица ішіндегі жолдар ретінде ұсынылады. Бірдей таңбаларды қатардағы қос нүктелерде туралау үшін қалдықтардың арасында бос орындар бар.
Ұқсастық дегеніміз не?
Тізбекті туралаудағы ұқсастық – салыстыру кезінде екі реттілік арасындағы ұқсастық. Бұл факт тізбектердің сәйкестігіне байланысты. Ұқсастық қалдықтардың туралану дәрежесін бейнелейді. Демек, ұқсас тізбектер ұқсас қасиеттерді қамтиды. Биоинформатикада ұқсастық екі ақуыздың ұқсастығын бағалау құралы болып табылады.
01-сурет: ретті туралаудағы ұқсастық
Тегістеу процесін реттілікке келтірудің екі негізгі қадамы бар. Бастапқы қадам BLAST, FastA және LALIGN сияқты алгоритмдерді пайдалана отырып, екі реттілік (соның ішінде бос орындар) арасындағы оңтайлы туралауды табуға көмектесетін жұппен туралау болып табылады. Сәйкестендіру алгоритмі өңдеу операцияларының ең аз санын табады; бір ретті екінші реттілікке туралау үшін in-dels және ауыстырулар. Жұптық теңестіруден кейін әрбір жұптық салыстырудан екі сандық параметр алу қажет. Олар сәйкестік пен ұқсастық.
Сәйкестілік дегеніміз не?
Тізбекті туралаудағы сәйкестік – екі түрлі реттілік арасында дәл сәйкес келетін таңбалар саны. Демек, сәйкестікті бағалау кезінде олқылықтар есепке алынбайды. Өлшем екі реттілік арасындағы қысқарақ реттілікке қатысты болып саналады. Ол дәйектілік сәйкестігі өтпелі емес жерде әсер ететінін айтарлықтай білдіреді. Егер X=Y және Y=Z болса, X міндетті түрде Z-ге тең емес. Бұл сәйкестендіру қашықтығы өлшемі бойынша шығарылады.
02-сурет: реттілік бойынша сәйкестендіру
Мысалы, X-те AAGGCTT тізбегі, Y-де AAGGC тізбегі және Z-де AAGGCAT тізбегі бар. X және Y арасындағы сәйкестік 100% {5 бірдей нуклеотид/мин[ұзындығы(X), ұзындық(Y)]}. Y мен Z арасындағы сәйкестік те 100%. Бірақ X және Z арасындағы сәйкестік тек 85% {(6 бірдей нуклеотид / 7)}.
Ретті туралаудағы ұқсастық пен сәйкестіктің қандай ұқсастықтары бар?
- Ұқсастық пен сәйкестік екеуі де біз реттілікте қолданатын екі термин.
- Сонымен қатар олар екі реттілік арасындағы ұқсастыққа сілтеме жасайды.
- Сонымен қатар біз оларды пайыздық мән ретінде көрсетеміз.
Ретті туралаудағы ұқсастық пен сәйкестіктің айырмашылығы неде?
Тегістеудегі ұқсастық салыстыру кезінде екі реттілік арасындағы ұқсастықты көрсетеді, ал ретті туралаудағы сәйкестік екі түрлі тізбек арасындағы дәл сәйкес келетін таңбалар санын көрсетеді. Демек, бұл бірізділікпен теңестірудегі ұқсастық пен сәйкестік арасындағы негізгі айырмашылық.
Қорытынды – Ұқсастық пен реттілікті туралаудағы сәйкестік
Тізімді туралау реттіліктер арасындағы функционалдық, құрылымдық немесе эволюциялық қатынасқа байланысты ДНҚ, РНҚ немесе ақуыздағы ұқсастық аймақтарын анықтауға көмектеседі. Демек, ұқсастық пен сәйкестік дәйектілік контекстіндегі екі негізгі термин болып табылады. Бұл екі терминнің негізгі айырмашылығы - ұқсастық - бұл салыстыру кезінде екі тізбектің ұқсастығы, ал сәйкестік - екі түрлі тізбектің арасында дәл сәйкес келетін таңбалар саны. Осылайша, бұл дәйектілік бойынша ұқсастық пен сәйкестік арасындағы айырмашылықтың қысқаша мазмұны.
