Биоинформатикадағы гомология мен ұқсастық арасындағы негізгі айырмашылық мынада: гомология екі тізбектің ортақ эволюциялық шығу тегі туралы мәлімдемені білдіреді, ал ұқсастық екі реттілік арасындағы ұқсастық дәрежесін білдіреді.
Биоинформатика – биологиялық деректерді талдау және түсіндіру үшін биология, ақпараттық инженерия, информатика, математика және статистиканы біріктіретін ғылым саласы. Гомология және ұқсастық - бұл биоинформатика саласында біз қолданатын екі термин. Біз ұқсастықты теңестірудің берілген ұзындығы бойынша ұқсас қалдықтардың пайызы ретінде оңай есептей аламыз. Дегенмен, біз гомологияны есептей алмаймыз, өйткені ол ақиқат немесе жалған болуы мүмкін және әдетте қолданылатын гипотезаға байланысты.
Биоинформатикадағы гомология дегеніміз не?
Биоинформатикадағы гомология өмірдің эволюциялық ағашындағы ортақ тектік қасиеттер тұрғысынан анықталған ДНҚ, РНҚ және ақуыз тізбегі арасындағы биологиялық гомологияны білдіреді. Басқаша айтқанда, бұл екі тізбектің ортақ эволюциялық тегі. Мұндай жағдайдың себебі не түрлену оқиғаларына (ортологтар), көлденең ген тасымалдау оқиғаларына (ксенологтар) немесе қайталану оқиғаларына (паралогтар) байланысты болуы мүмкін.
01-сурет: Бірнеше ретті туралау
ДНҚ, РНҚ немесе белоктар арасындағы гомологияны олардың аминқышқылдары немесе нуклеотидтер тізбегі ұқсастығы арқылы шығаруға болады. Елеулі ұқсастық екі реттілік эволюциялық өзгерістері бар ортақ тектік тізбегімен байланысты деген тұжырым жасау үшін күшті дәлелдік қасиет ретінде қызмет етеді. Бірнеше ретті туралау гомологтық сипаттағы әрбір реттілік аймақтарын көрсетеді.
Биоинформатикадағы ұқсастық дегеніміз не?
Биоинформатикада ұқсастық екі ақуыз немесе нуклеотидтер тізбегі арасындағы ұқсастықты бағалайды. Бұл процестің екі негізгі қадамы бар. Бастапқы қадам BLAST, FastA және LALIGN сияқты алгоритмдерді пайдалана отырып, екі реттілік (соның ішінде бос орындар) арасындағы оңтайлы туралауды табуға көмектесетін жұппен туралау болып табылады. Жұптық теңестіруден кейін әрбір жұптық салыстырудан екі сандық параметр алу қажет. Олар сәйкестік пен ұқсастық. BLAST қолданбасында іздеу ұқсастықтары позитивтілер ретінде белгілі.
02-сурет: Жұптық туралау
Консервативті мутация амин қышқылының физиохимиялық қасиеттерін сақтай отырып, ұқсас қалдыққа мутацияланғанда орын алады. Мысалы, аргинин +1 оң зарядпен лизинге мутацияға ұшыраса, екі аминқышқылдары қасиет бойынша ұқсас және аударылған ақуызды өзгертпейтіндіктен қабылданады. Демек, ұқсастықты өлшеу екі амин қышқылы қалдығының бір-біріне қатысты критерийлеріне байланысты.
Гомология мен биоинформатикадағы ұқсастықтардың қандай ұқсастықтары бар?
- Гомология және ұқсастық - биоинформатикада кездесетін екі техникалық термин.
- Сонымен қатар, екі термин де тізбектердің молекулалық талдауын білдіреді.
Биоинформатикадағы гомология мен ұқсастықтың айырмашылығы неде?
Гомология екі тізбектің ортақ эволюциялық шығу тегі туралы мәлімдемені білдіреді, ал ұқсастық екі тізбек арасындағы ұқсастық дәрежесін білдіреді. Сонымен, бұл биоинформатикадағы гомология мен ұқсастық арасындағы негізгі айырмашылық. Сонымен қатар, гомологияны есептеу мүмкін емес, өйткені ол ақиқат немесе жалған болуы мүмкін және әдетте гипотезаға байланысты болады, ал ұқсастықты теңестірудің берілген ұзындығы бойынша ұқсас қалдықтардың пайызы ретінде оңай есептеуге болады. Демек, бұл биоинформатикадағы гомология мен ұқсастық арасындағы елеулі айырмашылық.
Келесі инфографика биоинформатикадағы гомология мен ұқсастық арасындағы айырмашылықты көрсетеді.
Қорытынды – Биоинформатикадағы гомология және ұқсастық
Қысқаша айтқанда, биоинформатикадағы гомология мен ұқсастық арасындағы негізгі айырмашылық олардың анықтамаларында жатыр. Гомология - бұл екі тізбектің жалпы эволюциялық шығу тегі туралы мәлімдеме, ал ұқсастық - екі тізбек арасындағы ұқсастық. Гомология ортологтарға, паралогтарға және ксенологтарға байланысты пайда болады. Ұқсастықты шығару кезінде FastA, BLAST және LALIGN сияқты алгоритмдерді қолдануға болады. Гомологияны есептеу ретінде көрсету мүмкін емес, бірақ ұқсастықты туралаудың берілген ұзындығы бойынша ұқсас қалдықтардың пайызы ретінде көрсетуге болады. Осылайша, бұл биоинформатикадағы гомология мен ұқсастық арасындағы айырмашылықтың қысқаша мазмұны.
