Негізгі айырмашылық – ПТР праймерлері мен реттілік праймерлер
Молекулалық биология саласындағы соңғы жетістіктермен әртүрлі генетикалық әдістер әзірленді, бұл тақырыптың әртүрлі бағыттарын зерттеу процестерін жеңіл және дәл жасады. ПТР және басқа секвенирлеу процедуралары осындай екі маңызды әдіс болып табылады. Олар әртүрлі қосалқы компоненттерді пайдаланады. Праймерлер ПТР және Sequencing әдістеріне ортақ негізгі қосалқы компонент ретінде қарастырылады. ПТР праймерлері белгілі бір ДНҚ тізбегін күшейту үшін пайдаланылады, ал секвенирлеу праймерлер нуклеотидтер тізбегінің нақты тәртібін ашу мақсатында ДНҚ фрагментін секвенирлеу контексінде қолданылады. Бұл ПТР праймерлері мен секвенирлеу праймерлерінің арасындағы негізгі айырмашылық.
ПТР праймерлер дегеніміз не?
Полимеразды тізбекті реакция (ПТР) – белгілі бір ДНҚ сегментінің бір немесе бірнеше көшірмелерін көбейту және миллиондаған бірдей көшірмелерді алу үшін молекулалық биология саласында қолданылатын генетикалық әдіс. ПТР реакциясында әртүрлі компоненттер, соның ішінде праймерлер қолданылады. Праймерлер - нуклеотидтердің ұзындығы 18-25 болатын қысқа ДНҚ жіптері, бұл оларды күшейтілетін ДНҚ фрагменттерінің басы және соңғы аймағымен үйлесімді етеді. Праймерлер алға және кері праймер болуы мүмкін. Бұл праймерлер ДНҚ фрагментімен нақты нүктелерде байланысады, ол ДНҚ полимеразаны орналасқан жеріндегі арнайы праймермен байланыстырады және жаңа ДНҚ тізбегінің синтезін бастайды.
Праймерлерді таңдау ПТР процесінің маңызды аспектісі болып табылады. Праймердің ұзындығын таңдау маңызды. Идеал ұзындық 18-25 нуклеотид болады. Ұзындығы тым қысқа немесе тым ұзын болса, праймерлер дәл күшейтілетін ДНҚ тізбегіне қосылмайды. Ұзындығы тым қысқа праймерлер ДНҚ тізбегінің әртүрлі орындарында спецификалық емес праймер жасытуына әкеледі.
01-сурет: ПТР праймерлері
Жақсы праймердегі гуанин мен цитозин (GC) мөлшері 40-60 аралығында болуы керек. Праймердің жасыту температурасы мен балқу температурасы ПТР кезінде маңызды факторлар болып табылады. Балқу температурасын дәл есептеу керек, ал праймерді жасыту температурасы балқу температурасынан 5 0C төмен болуы керек. Балқу температурасы 60 °C және 75 °C болуы керек. Тым жоғары немесе тым төмен температура ДНҚ-полимераза белсенділігінің төмендеуіне әкеледі.
Секвенирлеу праймерлері дегеніміз не?
Секвенирлеу праймерлері ДНҚ фрагментін оның нақты сәйкестігін ашу мақсатында секвенирлеу контекстінде қолданылады. Жақсы реттілік нәтижелерін алу үшін жоғары сапалы праймерлер мен үлгілер маңызды. Осылайша, праймерлер таңдалған кезде, олар біз ретімен реттегіміз келетін белгілі бір аймақ үшін бірегей болуы керек. Ол сондай-ақ дәйектілік әдетте праймерлердің 3'-ден 5' ұштарына дейін жасалатын дұрыс бағдармен болуы керек. Тізбекте шаш қыстырғыш ілмектер пайда болуы сияқты қалаусыз өзін-өзі будандастыру болмауы керек. Онда гуанин негіздерінің бірізді түзілуі болмауы керек.
Праймердің балқу температурасы (Tm) реттілік шарттарына сәйкес болуы керек. Сондықтан ол 52oC және 74oC аралығында болуы керек. Праймер ретінде пайдаланылатын олигонуклеотидтерді дайындау тізбектің қажетті толық ұзындығын алу үшін тазартылуы керек. Егер олигонуклеотидтерде қоспалар болса, праймер тізбегінің сигналы әртүрлі толтыру орындарынан қабаттасады, сонымен қатар негізгі жасушалардың санын азайтады.
02-сурет: Праймерлерді реттілік
Олигонуклеотидтің праймердің балқу температурасы (Tm) комплементарлы ДНҚ тізбектерінің бір-бірімен қаншалықты күшті гибридтенетінін анықтайды. Tm термодинамикалық есептеу ретінде қарастырылуы мүмкін, мұнда ол ДНҚ тізбегіне де, тұз концентрациясы сияқты бірнеше шарттарға да тәуелді. Tm дидеоксинуклеотидтермен аяқталатын фрагменттердің тобын шығару үшін цикл реттілігі деп аталатын нұсқа пайдаланылатын ПТР кезінде маңызды. Мұнда реттелген праймер алдымен баламалы күйдірілген, содан кейін ұзартылған және күшейту үшін соңғы денатуратталған болады. Сондықтан Tm мәні 52oC және 74o C арасында болуы керек. Синтезделген олигонуклеотидтерді ДНҚ/РНҚ синтезі зертханаларынан алуға болады. таңдау. ДНҚ секвенирлеу үшін пайдаланылатын синтездің шағын ауқымы әдетте 50 нмольді құрайды. Сондай-ақ, ең бастысы, реттілік үшін пайдаланылатын праймерлер сапаның төмендеуіне жол бермейтін қоспалардан таза болуы керек.
ПТР праймерлері мен секвенирлеу праймерлерінің қандай ұқсастықтары бар?
- ПТР праймерлері де, реттілік праймерлері де мақсатты ДНҚ тізбегін күшейту процесінде қолданылатын праймерлер.
- ПТР праймерлері де, реттілік праймерлері де нуклеотидтерден тұрады.
- ПТР праймерлер де, реттілік праймерлер де қысқа олигомерлер.
ПТР праймерлері мен секвенирлеу праймерлерінің арасындағы айырмашылық неде?
ПТР праймерлері және бірізділік праймерлері |
|
| ПТР праймерлері нуклеотидтер тізбегінің ұзындығы 18-25 болатын қысқа ДНҚ тізбектері болып табылады, бұл оларды күшейтілетін ДНҚ фрагменттерінің басы және соңғы аймағымен үйлесімді етеді. | Секвенирлеуші праймерлер – ДНҚ фрагментін секвенирлеу контекстінде оның нақты сәйкестігін ашу мақсатында пайдаланылатын қысқа олигомерлер. |
| Функция | |
| ПТР праймерлері белгілі бір ДНҚ тізбегін күшейту үшін пайдаланылады. | Секвенирлеу праймерлері ДНҚ фрагментін секвенирлеу контекстінде оның нақты сәйкестігін ашу мақсатында пайдаланылады. |
| Қажетті праймерлер саны | |
| Екі праймер; бір алға праймер және бір кері праймер ПТР праймерлері ретінде пайдаланылады. | Тізбектелген праймер ретінде тек бір праймер қажет. |
Қорытынды – ПТР праймерлері және реттілік праймерлер
Секвенирлеу праймерлері ДНҚ фрагментін оның нақты сәйкестігін ашу мақсатында секвенирлеу контекстінде қолданылады. Процесті іске қосу үшін бір реттік праймер жеткілікті болады. Жақсы реттілік нәтижелерін алу үшін жоғары сапалы праймерлер мен үлгілер маңызды. Осылайша, праймерлер таңдалған кезде, олар біз ретімен реттегіміз келетін белгілі бір аймақ үшін бірегей болуы керек. ПТР праймерлері - нуклеотидтердің ұзындығы 18-25 болатын қысқа ДНҚ жіптері, олар күшейтілетін ДНҚ фрагменттерінің бастапқы және соңғы аймағымен үйлесімді. ПТР праймерлері алға және кері праймер болуы мүмкін. Жақсы праймердегі гуанин мен цитозин (GC) мөлшері 40-60 диапазонында болуы керек. ПТР кезінде праймерді жасыту температурасы және балқу температурасы маңызды аспектілер болып табылады. Бұл ПТР праймерлері мен реттілік праймерлерінің арасындағы айырмашылық.
