Консенсус ПТР мен Пан ПТР арасындағы негізгі айырмашылық мынада: консенсус ПТР әрқашан сақталған аймақтарды нысанаға алады, ал Пан ПТР топтың әртүрлі штаммдарын анықтау үшін айнымалы аймақтарды нысанаға алады
Полимеразды тізбекті реакция (ПТР) – денатурация, жасыту және ұзарту сияқты үш негізгі қадамнан тұратын генді күшейту әдісі. Бұл диагностикада және молекулалық идентификацияда кеңінен қолданылады. Консенсус ПТР және Пан ПТР әдістері әр ПТР түрі пайдаланатын праймер мақсаттарына негізделген.
Консенсус ПТР дегеніміз не?
Консенсус ПТР – белгілі бір түр немесе тұқым үшін сақталған аймаққа бағытталған ПТР әдісі. Сондықтан күшейту үшін жоғары сақталған аймақтар таңдалады. Бұл әдіс арқылы организмдерді консенсус негізінде анықтауға және ажыратуға болады. Бұл әдіс белгілі бір түр үшін сақталған аймақты анықтайды. Мысалы, бактериялардың 16s рРНҚ аймағы бактериялар арасында сақталған аймақ болып қалады. Сондықтан күшейту үшін тек бір праймер жинағы қажет. Көп жағдайда сақталған аймақ үшін әмбебап праймерді қолдануға болады.
01-сурет: ПТР техникасы
Консенсус ПТР әдісін қолдану арқылы түрлердің сипаттамасы мен эволюциялық қатынастарды шығаруға болады. Белгілі бір үлгі ағзасының күшейту тиімділігіне сүйене отырып, ағзаның топқа қатысты консенсусын да шығаруға болады. Әрі қарай, консенсус ПТР жүргізу филогенетикалық зерттеулерде өте маңызды. Ол түрді анықтауға мүмкіндік береді және белгілі бір организмнің ауытқуын ортақ ата тегі бойынша түсіндіреді.
Pan PCR дегеніміз не?
Пан ПТР – ПТР мультиплекстеу режимі. Бұл техникада әртүрлі штаммдар әртүрлі праймер нысаналары арқылы күшейтіледі. Мақсаттар штамм топтары үшін ортақ мақсаттар болуы мүмкін. Осылайша, Pan ПТР-де бір уақытта екіден астам праймер жиынтығын пайдалануға болады. Ол бір түтік реакция әдісінде немесе көп түтік реакция әдісі ретінде өтуі мүмкін. Пан ПТР консенсус ПТР-мен салыстырғанда көп уақытты қажет етеді және күрделірек. Осы себепті ПТР нәтижелерін интерпретациялау Пан ПТР-де де күрделірек болуы мүмкін.
Пан ПТР негізгі қолдануы молекулалық диагностикада. Ол мақсатты күшейту арқылы түрдің әртүрлі штаммдарын ажыратуға мүмкіндік береді. Пан ПТР – ауру тудыратын бір түрдің әртүрлі штаммдарын анықтаудың тамаша әдісі. Көптеген жағдайларда әртүрлі денсаулық жағдайлары үшін Пан ПТР әдістерін автоматтандыру өте маңызды және сенімді және жоғары тиімді әдіс болып табылады.
Consensus ПТР мен Пан ПТР арасындағы қандай ұқсастықтар бар?
- Консенсус ПТР және Пан ПТР – ПТР әдістерінің екі түрі.
- Екі процедура да жалпы үш сатылы процедураны орындайды – денатурация, жасыту және ұзарту.
- Олар мақсатқа арналған праймерлерді пайдаланады.
- Екі реакция да термиялық циклдерде жүреді.
- Бұл реакцияларды автоматтандыруға болады.
- Екеуі де молекулалық диагностикада және идентификацияда қолданылуы мүмкін; дегенмен, дәлдік өзгереді.
- Бұл процедуралар тексеруді қажет етеді.
Консенсус ПТР мен Пан ПТР арасындағы айырмашылық неде?
Consensus және Pan PCR екеуі де бірдей әдеттегі процедураны орындайды. Дегенмен, консенсус ПТР мен Пан ПТР арасындағы негізгі айырмашылық әрбір процедура қолданатын праймер мақсаттарына негізделген. Консенсус ПТР әрқашан сақталған аймақтарға бағытталғанымен, Пан ПТР топтың әртүрлі штаммдарын анықтау үшін айнымалы аймақтарды нысанаға алады. Осы айырмашылыққа байланысты праймерді жобалау протоколдары, пайдаланылатын праймер жиындарының саны және арнайы қолданбалар әр түрлі болады.
Төмендегі инфографика Consensus PCR және Pan PCR арасындағы айырмашылықты қорытындылайды.
Қорытынды – Консенсус ПТР және Пан ПТР
ПТР, Мулли енгізген, молекулалық биология қолданбаларында маңызды революциялық рөл атқарады. Консенсус және Пан ПТР - бұл олардың праймер мақсатты аймақтарына негізделген ПТР екі түрі. Консенсус ПТР сақталған аймақтарға бағытталғанымен, Пан ПТР айнымалы аймақтарға бағытталған және штамм идентификациясында маңызды рөл атқарады. Консенсус ПТР мен Пан ПТР арасындағы осы негізгі айырмашылыққа байланысты ПТР әр түрінің ерекше функциялары филогенетикалық талдаудан молекулалық сипаттамаға дейін молекулалық диагностикаға дейін өзгереді.
