ПТР және нақты уақыттағы ПТР
ПТР немесе полимеразды тізбекті реакция – қазіргі молекулалық биологиядағы революциялық жаңалық, оны алғаш рет 1983 жылы химик Кари Муллис әзірледі. Ол күрделі ДНҚ-дағы бір ретті талдау үшін күшейтуге мүмкіндік береді. ПТР негізгі идеясы ДНҚ тізбегінің қарама-қарсы тізбегіне қосымша болып табылатын екі праймер бір-біріне бағытталған; праймерлер әрқайсысында басқа праймер бар қосымша жіптерді шығарады. Демек, нәтиже екі праймер арасында жатқан ДНҚ-ға сәйкес келетін тізбегінің үлкен саны болып табылады. ДНҚ-полимераза ферменті ПТР-да праймерлерді ұзарту үшін қолданылады. ДНҚ-полимераза - термостабельді фермент және оның қалыпты ДНҚ денатурациясы үшін пайдаланылатын жоғары температурада (94-95 °C) өмір сүру қабілеті бар.
ПТР үш қадамды қамтиды, атап айтқанда, денатурацияның қайталанатын раундтары, праймерлерді жасыту және ДНҚ синтезі. Бұл реакцияны орындау үшін температураларды тез және дәл өзгертуге бағдарламалауға болатын термоцикл машинасы қолданылады. ПТР қолданулары қылмыстық тергеу, ДНҚ саусақ ізі, қоздырғыштарды анықтау және адамның алғашқы түрлерінің ДНҚ талдауы болып табылады.
Кәдімгі ПТР дегеніміз не?
Кәдімгі ПТР үш негізгі кезеңі бар, атап айтқанда; ДНҚ күшейту кезеңі, ПТР бөлу және өнімдерді анықтау. ДНҚ сегменттерін бөлу әдетте агарозды гель электрофорезі арқылы жүзеге асырылады. Содан кейін өнімдер этейдуим бромидімен боялады. Соңында анықтау ультракүлгін сәулесінің астында жолақтарды гельдерге визуализациялау арқылы жүзеге асырылады. Сондықтан әдеттегі ПТР соңғы нәтижелері сандармен көрсетілмейді. Әдетте кәдімгі ПТР тек бір параметрді анықтай алады.
Нақты уақыттағы ПТР дегеніміз не?
Нақты уақыттағы ПТР өнімдердің күшейтілуін анықтай алады, өйткені өнімдер синтезделеді. Технологияның дамуымен ПТР әсіресе тамақ өнімдеріндегі бактерияларды анықтау және анықтау үшін өте танымал әдіске айналды. Нақты уақыттағы ПТР флуоресцентті бояу жүйесі мен флуоресцентті анықтау мүмкіндігімен жабдықталған термоциклді пайдаланады.
Дәстүрлі ПТР мен нақты уақыттағы ПТР арасындағы айырмашылық неде?
• Кәдімгі ПТР көп уақытты алады, өйткені күшейтілген ПТР өнімдерін талдау үшін гель электрофорезін пайдаланады. Керісінше, нақты уақыттағы ПТР аз уақыт алады, өйткені ол реакцияның бастапқы фазаларында күшейтуді анықтай алады.
• Нақты уақыттағы ПТР ПТР экспоненциалды өсу фазасында деректерді жинайды, ал дәстүрлі ПТР реакцияның соңғы нүктесінде деректерді жинайды.
• Дәстүрлі ПТР соңғы нүкте нәтижелері өте дәл болмауы мүмкін, бірақ нақты уақыттағы ПТР нәтижелері өте дәл.
• Нақты уақыттағы ПТР әдеттегі ПТР-ға қарағанда сезімталырақ.
• Дәстүрлі ПТР ажыратымдылығы өте нашар, ал нақты уақыттағы ПТР жоғары ажыратымдылыққа байланысты өте аз өзгерістерді анықтай алады.
• Кәдімгі ПТР соңғы нүктесін анықтаудың динамикалық диапазоны қысқа, ал нақты уақыттағы ПТР анықтауының динамикалық диапазоны кең.
• Дәстүрлі ПТР-дан айырмашылығы, автоматтандырылған анықтау әдістері нақты уақыттағы ПТР-да табылады.
• Дәстүрлі ПТР нақты уақыттағы ПТР-ге қарағанда өте күрделі және еңбекті қажет етеді.
• Нақты уақыттағы ПТР-дан айырмашылығы, кәдімгі ПТР өлі және тірі бактерияларды ажырата алмайды.
• Нақты уақыттағы ПТР өнімдерді анықтау үшін флуоресцентті бояу жүйесін пайдаланады, ал кәдімгі ПТР агарозды гель ортасындағы жолақтарды визуализациялау үшін этидий бромиді мен УК сәулесін пайдаланады.
