Негізгі айырмашылық – протеомика мен транскриптомика
Омикалық технология - организмнің әртүрлі биомолекулалары оның қасиеттері мен функцияларына қатысты тұтас жинақ ретінде қарастырылатын қазіргі тенденция. Омикалық технологияның қолдану аясы кең. Биологиялық үлгінің әртүрлі омикаларына геномика, протеомика, транскриптомика және метаболомика кіреді. Протеомика тірі ағзадағы барлық белоктарды толық зерттеуді қамтиды. Ол организмдегі барлық экспрессиялық белоктардың жиынтығы, оның құрылымдық және функционалдық қасиеттері ретінде анықталады. Демек, белоктардың толық жиынтығы протеомды құрайды. Транскриптомика – тірі ағзадағы барлық хабаршы РНҚ (мРНҚ) молекулаларын толық зерттеу. Осылайша, транскриптомика тірі организмде белсенді түрде экспрессияланатын гендермен айналысады. Тірі организмдегі мРНҚ-ның жалпы жиынтығы транскриптом деп аталады. Протеомика мен Транскриптомика арасындағы негізгі айырмашылық биомолекула түріне негізделген. Протеомикада тірі организмдегі белоктардың жалпы жиынтығы зерттелсе, транскриптомикада тірі ағзаның жалпы мРНҚ зерттеледі.
Протеомика дегеніміз не?
Протеомика термині 1995 жылы енгізілді және бастапқыда жасушадағы, ұлпадағы немесе ағзадағы жалпы ақуыздық комплемент ретінде анықталған. Протеомикалық зерттеулердегі ілгерілеумен ол көптеген зерттеу салаларын қамтитын қолшатыр термин ретінде қарастырылуы үшін өзгертілді. Қазіргі уақытта протеомика тақырыбы аясында белоктардың құрылымы, бағыты, функциялары, өзара әрекеттесуі, модификациялары, қолданылуы және маңызы зерттеледі. Сондықтан қазіргі уақытта протеомика саласында көптеген зерттеулер жүргізілуде.
Алғашқы протеомикалық зерттеулер ішек таяқшасының құрамындағы ақуызды анықтау үшін жасалды. Ақуыздың жалпы мазмұнының картасы екі өлшемді (2D) гельдер арқылы жасалды. Бұл сәтті болғаннан кейін ғалымдар теңіз шошқалары мен тышқандар сияқты жануарлардағы жалпы ақуыз мазмұнын сипаттауға көшті. Қазіргі уақытта адам ақуызының картасы 2D гельдік электрофорез арқылы жасалады.
Протеомика қолданбалары
Протеомиканы зерттеудің көптеген артықшылықтары бар, өйткені белоктардың катализаторлық қасиетіне байланысты ақуыздар белсенділіктің көп бөлігін басқарушы молекулалар болып табылады. Осылайша, тұтас ақуыздарды зерттеу ағзаның денсаулық жағдайына қатысты ақпарат бере алады. Кейбір қолданбалар:
- Геномдық аннотация: Ағзаның ақуыз мазмұнын зерттеу арқылы белсенді ақуыз қосылысына жауап беретін нақты геномдарды анықтауға болады. Бұл сценарийде барлық геномика, Транскриптомика және протеомика нәтижелері маңызды.
- Ауруды анықтау / Диагностика: Протеомика сау және ауруды салыстыру арқылы ауру жағдайын анықтауда қолданылады
- Тәжірибе кезінде зерттелген ақуыз экспрессиясын орындау үшін.
- Протеиннің модификациялары және өзара әрекеттесу зерттеулері: ақуыздарды in vitro немесе және in vivo жағдайында пайдалану үшін осы алынған ақуыздарды сақтау шарттарын шешу және in vitro, in vivo және in in vitro ақуыздың әрекетін зерттеу – кремний әдістері.
01-сурет: Протеомика
Протеомикада әртүрлі әдістер бар
- 2D гель электрофорезі арқылы жалпы ақуызды алу және ақуыздарды бөлу. Ақуыздарды жоғары өнімді сұйықтық хроматографиясы (HPLC) көмегімен де бөлуге болады.
- Эдмунд секвенирлеу әдісі немесе Масс-спектрометрия сияқты әдістерді пайдалана отырып, экстракцияланған белоктарды секвенирлеу.
- Тізбектер анықталғаннан кейін ақуыз мазмұнының құрылымдық және функционалдық қасиеттері компьютерлік бағдарламалық құрал мен биоинформатика құралдары арқылы талданады.
Транскриптомика дегеніміз не?
Транскриптом термині жақында ойлап табылды. Транскриптомика - бұл организмнің жалпы мРНҚ мазмұнын зерттеу. Жалпы мРНҚ - бұл тірі ағзадағы немесе жасушадағы экспрессиялық ДНҚ. мРНҚ-ның толық жинағы транскриптом деп аталады.
Транскриптомды талдау қадамдары мыналарды қамтиды:
- РНҚ экстракциясы, поли DT түйіршіктері бар бағанды гель хроматографиясы арқылы мРНҚ-ны бөлу.
- мРНҚ реттілігі орындалды.
Microarray технологиясы - ағзаның транскриптомын анықтаудың кең таралған әдістерінің бірі. Микромассив техникасы транскриптомның комплементарлы жіптері бар зонд тақтасын қамтиды. Гибридизациядан кейін организмде немесе жасушаларда болатын мРНҚ-ны сипаттауға болады.
02-сурет: Транскриптомиялық әдістер
Транскриптомика қазір медицина саласында кеңінен қолданылады. Ауруларды диагностикалау және аурудың профилін жасау Транскриптомика қолданылатын негізгі салалар болып табылады. Ағзаның транскриптомын талдау арқылы бөтен мРНҚ-ны анықтауға болады, ал егер инфекциялар болса, оны анықтауға болады. Кодталмаған РНҚ-ны транскриптомиялық технологиялар арқылы бөлуге болады. Сондай-ақ әртүрлі экологиялық стресстер кезінде гендердің экспрессиясын бақылауға болады.
Протеомика мен транскриптомиканың қандай ұқсастықтары бар?
- Екеуі де омикалық технология тұжырымдамасының бір бөлігін құрайды.
- Екеуі де ауруды диагностикалауда және ағзаның ауру сипаттамасында қолданылады.
- Зерттеудің екі саласы да биомолекуланың экстракциясы, биомолекуланың бөлінуі және реттілік кезеңдерін қамтыды.
Протеомика мен транскриптомиканың айырмашылығы неде?
Protemics және Transscriptomics |
|
| Протеомика тірі ағзадағы барлық ақуыздарды толық зерттеуді қамтиды. | Транскриптомика – тірі ағзадағы барлық хабаршы РНҚ (мРНҚ) молекулаларын толық зерттеу. |
| Зерттелген биомолекула түрі | |
| Белоктар протеомикада зерттеледі. | мРНҚ транскриптомикада зерттеледі. |
| Зерттелген факторлар | |
| Белоктардың құрылымы, қызметі, өзара әрекеттесуі, модификациялары және қолданылуы протеомикада зерттеледі. | Тізбек құрылымы, қоршаған ортамен әрекеттесу және мРНҚ қолданулары транскриптомикада зерттеледі. |
Қорытынды – Протеомика және Транскриптомика
Омикс өмір туралы ғылымдар саласында маңызды рөл атқарады. Протеомика жасушадағы немесе ағзадағы белоктардың толық жиынтығын құрайтын протеомды зерттеуді білдіреді. Транскриптомика мРНҚ түріндегі экспрессиялық ДНҚ-ның толық жиынтығы болып табылатын транскриптомды зерттеуді білдіреді. Екі зерттеу саласы, протеомика және транскриптомика геномиканы енгізгеннен кейін алынған және қазіргі уақытта медициналық диагностикада және ағзаларды сипаттау мен скринингте кеңінен қолданылады. Бұл протеомика мен транскриптомика арасындағы айырмашылық.
Proteomics vs Transscriptomics PDF файлын жүктеп алыңыз
Сіз осы мақаланың PDF нұсқасын жүктеп алып, оны сілтеме жазбасына сәйкес офлайн мақсаттарда пайдалана аласыз. PDF нұсқасын мына жерден жүктеп алыңыз: Протеомика мен Транскриптомика арасындағы айырмашылық
